С помощью babel сделаем pdb файл этана из результатов оптимизации из предыдущего практикума:
Теперь с помощью скрипта Ante_RED.pl подготовим pdb файл:
Запустили RED:
Файл описания молекулы в формате пакета программ GROMACS:
Моделируем испарение этана. Есть два состояния системы, первое соответствует газовой фазе, воторое - жидкой. Задача: провести короткое моделирование динамики каждой из этих систем и определить разницу в энергии VdW взаимодействий между системами. И сравнить эту разницу с энтальпией испарения этана. При Т=25 это значение равно 5.4 кДж/моль. epsilon для водорода нам не известна, поэтому создадим 7 топологий с разными значениями epsilon. Будем использовать скрипт:
газовая фаза жидкая фаза
epsilon LJ Coulomb LJ Coulomb Энтальпия испарения
1,0 -0,000236449 3,69764e-05 -247,817 0,00192316 247,8
0,125 -0,000157985 3,69529e-05 -26,5746 0,000238152 26,6
0,03703 -0,000139815 3,69735e-05 -4,931675 0,000182078 4,9
0,01562 -0,000134519 3,69783e-05 -3,20117 0,000133985 3,2
0,008 -0,000130581 3,69841e-05 -2,26543 0,000184622 2,3
0,00462 -0,000128495 3,69945e-05 -2,17784 0,000200743 2,2
0,00291 -0,000127071 3,69938e-05 -2,60574 0,000106203 2,6
VdW взаимодействия вносят более существенный вклад, чем кулоновские.
Значение эпсилон, при котором энтальпия наиболее близка к теотерической - 0,03703.
Значит, равно 5,4 кДж/моль - где-то при 0,038-0,04.