До обработки куб из формамида вокруг желтого пептида не похож на куб, все дырявое и неупорядоченное
Теперь, после наших поправок куб красивый, все молекулы формамида четко друг за другом
Построим файл топологии системы в силовом поле amber99sb: pep.top
, и файл с координатами в формате Gromacs: pep.gro
Сделаем небольшой отступ в ячейке от пептида: pep_ec.gro
Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле:
pep_em.gro
Изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии:
начальное значение: Fmax=2.295e+03
конечное значение максимальной силы: Fmax=3.210e+02
Добавим в ячейку молекулы формамида: pep_s.gro
Добавилось 902 молекулы.
Теперь надо изменить в текстовом редакторе файл тополгии pep.top
Нейтрализуем заряд системы, для этого нужен 1 положительный ион: pep_si.gro
Проведём "утряску" воды: pep_pr.gro
Сравним визуально в PyMol изменеия в системах:
|
|
|
| До обработки куб из формамида вокруг желтого пептида не похож на куб, все дырявое и неупорядоченное |
Теперь, после наших поправок куб красивый, все молекулы формамида четко друг за другом |
Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере. Запускаем основное моделирование на суперкомпьтере.