Поисковые системы

Информация о белке KPRS_BACSU, найденная в банке SwissProt:

Bпечатления от сравнения информации

1. Наиболее удобным, по моему мнению, является MRS. Страница приятная на внешний вид, содержит всю основную информацию.
2. В SRS и UniProt наиболее наглядно представлены особенности вторичной структуры белка.
3. В SRS возможна запись аминокислотной последовательности в нескольких форматах (FASTA, GCG, PIR, Pretty).
4. В UniProt содержатся ссылки на литературу, где упоминается данный белок. Это дает дополнительную информацию, необходимую при исследовании белка.

Изучение страницы с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt:

1. Названия таксонов, начинающихся с Bacil: порядок Bacillales, семейство Bacillaceae, род Bacillus, представитель Bacillus cereus group (например).
2. В банке SwissProt 15224 записей, описывающих белки из рода Bacillus.
3. В банке SwissProt 67277 записей, описывающих белки из отдела Firmicutes.

Белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией KPRS_BACSU

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Metal-binding (связывание металла)	([swissprot-Keywords:Metal-binding] & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes])	10386
Magnesium (магний)	([swissprot-Description:Magnesium] & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes])	3
Transferase (трансферазы)	([swissprot-Description:Transferase] & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes])	1284
Nucleotide biosynthesis (биосинтез нуклеотидов)	((([swissprot-Keywords:Nucleotide] & [swissprot-Keywords:biosynthesis]) \| [swissprot-Keywords:Nucleotide biosynthesis]) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes])	379

Последовательности белков второго запроса в fasta-формате

С помощью программы grep на сервере kodomo посчитайте сколько записей содержится в файле с белками Bacillus subtilis

Команда: grep "^ID" bacsu.gbk | wc -l
Результат: 18202 записи.