Программы парного выравнивания




Определение веса выравнивания

seq1

R

R

P

R

P

N

V

A

E

V

M

N

I

V

G

N

I

E

G

-

K

seq2

R

R

K

R

P

N

V

A

E

Y

M

R

I

V

G

N

A

Y

G

A

K

Bec

5

5

-1

5

7

6

4

4

5

-1

5

0

4

4

6

6

-1

-2

6

-12

5

Вес выравнивания: 60

Выравнивание программой stretcher ( выравнивание )

               10         20       
  seq1 RRPRPNVAEVMNIVGNIEG-K       
       :: :::::: : ::::  : :       
  seq2 RRKRPNVAEYMRIVGNAYGAK       
               10        20

Вес выравнивания: 60
Выравнивание, построенное мной и программной, совпало, следовательно совпали и значения веса (= 60)

Полное выравнивание программой needle последовательностей моего белка KPRS_BACSU и белка KPRS_DESPS.( выравнивание ) 

 KPRS_BACSU         1 MSNQYGDKNLKIFSLNSNPELAKEIADIVGVQLGKCSVTRFSDGEVQINI     50  
                      |.|     .:||||.|::|:||.|||..:|:|:.:..|.:|||||:.:.|         
 KPRS_DESPS         1 MPN-----IIKIFSGNAHPQLADEIAAHLGMQVSEADVRKFSDGEIFVEI     45  
                                                                                 
 KPRS_BACSU        51 EESIRGCDCYIIQSTSDPVNEHIMELLIMVDALKRASAKTINIVIPYYGY    100  
                      ::::||.|.:|:|.|..|||:::|||::|||||:||||:.|..|:|||||         
 KPRS_DESPS        46 KKNVRGTDAFIVQPTCTPVNDNLMELVLMVDALRRASARRITAVVPYYGY     95  
                                                                                 
 KPRS_BACSU       101 ARQDRKARSREPITAKLFANLLETAGATRVIALDLHAPQIQGFFDIPIDH    150  
                      ||||||:..|.||:||:.|.:....|..||:.:||||.||||||:||:||         
 KPRS_DESPS        96 ARQDRKSAPRVPISAKVVAEMFMAVGVRRVLCMDLHAGQIQGFFNIPVDH    145  
                                                                                 
 KPRS_BACSU       151 LMGVPILGEYFEGKNLEDIVIVSPDHGGVTRARKLADRLKAPIAIIDKRR    200  
                      |...|:|.::.:.:..||:|:||||.|||.|.|..|.||...:|||||||         
 KPRS_DESPS       146 LYAAPVLLKHIKKEFGEDVVMVSPDAGGVERTRAFAKRLNTGLAIIDKRR    195  
                                                                                 
 KPRS_BACSU       201 PRPNVAEVMNIVGNIEGKTAILIDDIIDTAGTITLAANALVENGAKEVYA    250  
                      .|||..|.|:::|::.||.|||:||:.||||||...|..|:|||||||:|         
 KPRS_DESPS       196 DRPNECEAMHVIGDVRGKVAILMDDMADTAGTICNGAKTLLENGAKEVHA    245  
                                                                                                 
 KPRS_BACSU       251 CCTHPVLSGPAVERINNSTIKELVVTNSIKLPEE-KKIERFKQLSVGPLL    299  
                      |||||||||||||||.||.:|..||||:|.|.|| |...:.|||||..||         
 KPRS_DESPS       246 CCTHPVLSGPAVERITNSDLKSFVVTNTIPLGEEAKNCPKIKQLSVSALL    295  
                                                                                 
 KPRS_BACSU       300 AEAIIRVHEQQSVSYLFS    317                                  
                      |:||.|:|.:.|||.||.                                         
 KPRS_DESPS       296 ADAIERIHNEDSVSSLFV    313

Вес выравнивания: 896.0

Частичное выравнивание программой water последовательностей моего белка KPRS_BACSU и белка KPRS_DESPS.( выравнивание ) 

 
KPRS_BACSU        10 LKIFSLNSNPELAKEIADIVGVQLGKCSVTRFSDGEVQINIEESIRGCDC     59
                     :||||.|::|:||.|||..:|:|:.:..|.:|||||:.:.|::::||.|.       
KPRS_DESPS         5 IKIFSGNAHPQLADEIAAHLGMQVSEADVRKFSDGEIFVEIKKNVRGTDA     54
                                                                              
KPRS_BACSU        60 YIIQSTSDPVNEHIMELLIMVDALKRASAKTINIVIPYYGYARQDRKARS    109
                     :|:|.|..|||:::|||::|||||:||||:.|..|:|||||||||||:..       
KPRS_DESPS        55 FIVQPTCTPVNDNLMELVLMVDALRRASARRITAVVPYYGYARQDRKSAP    104
                                                                              
KPRS_BACSU       110 REPITAKLFANLLETAGATRVIALDLHAPQIQGFFDIPIDHLMGVPILGE    159
                     |.||:||:.|.:....|..||:.:||||.||||||:||:|||...|:|.:       
KPRS_DESPS       105 RVPISAKVVAEMFMAVGVRRVLCMDLHAGQIQGFFNIPVDHLYAAPVLLK    154
                                                                              
KPRS_BACSU       160 YFEGKNLEDIVIVSPDHGGVTRARKLADRLKAPIAIIDKRRPRPNVAEVM    209
                     :.:.:..||:|:||||.|||.|.|..|.||...:|||||||.|||..|.|       
KPRS_DESPS       155 HIKKEFGEDVVMVSPDAGGVERTRAFAKRLNTGLAIIDKRRDRPNECEAM    204
                                                                              
KPRS_BACSU       210 NIVGNIEGKTAILIDDIIDTAGTITLAANALVENGAKEVYACCTHPVLSG    259                                         
                     :::|::.||.|||:||:.||||||...|..|:|||||||:||||||||||                                                                                     
KPRS_DESPS       205 HVIGDVRGKVAILMDDMADTAGTICNGAKTLLENGAKEVHACCTHPVLSG    254
                                                                              
KPRS_BACSU       260 PAVERINNSTIKELVVTNSIKLPEE-KKIERFKQLSVGPLLAEAIIRVHE    308
                     ||||||.||.:|..||||:|.|.|| |...:.|||||..|||:||.|:|.       
KPRS_DESPS       255 PAVERITNSDLKSFVVTNTIPLGEEAKNCPKIKQLSVSALLADAIERIHN    304
                                                                              
KPRS_BACSU       309 QQSVSYLF    316                                          
                     :.|||.||                                                 
KPRS_DESPS       305 EDSVSSLF    312

Участки последовательностей, вошедшие в выравнивание: 10-316, 5-312
Локальное выравнивание совпадает с "ограничением" глобального на названные участки.
Вес выравнивания: 903.0

Вес оптимального глобального выравнивания меньше веса оптимального локального выравнивания, и он не может быть больше, т.к. при глобальном выравнивании будет большее число гэпов, за которые берутся большие штрафы.
("Казалось бы, частичное выравнивание можно рассматривать как частный случай полного: просто поставим против всех букв, не вошедших в участки, символы пропуска. Но для такого критерия, как вес, разница между частичным и полным выравниванием существенная, ведь все пропуски штрафуются!")

Построение карты локального сходства двух последовательностей с помощью программы dotmatcher пакета EMBOSS.

Субоптимальные локальные выравнивания двух последовательностей с помощью программы matcher пакета EMBOSS.

1. 

      10        20        30        40        50         
KPRS_B LKIFSLNSNPELAKEIADIVGVQLGKCSVTRFSDGEVQINIEESIRGCDC
       .:::: :..:.:: :::  .:.:. .  : .:::::. . :....:: : 
KPRS_D IKIFSGNAHPQLADEIAAHLGMQVSEADVRKFSDGEIFVEIKKNVRGTDA
           10        20        30        40        50    

      60        70        80        90       100         
KPRS_B YIIQSTSDPVNEHIMELLIMVDALKRASAKTINIVIPYYGYARQDRKARS
       .:.: :  :::...:::..:::::.::::. :  :.:::::::::::.  
KPRS_D FIVQPTCTPVNDNLMELVLMVDALRRASARRITAVVPYYGYARQDRKSAP
           60        70        80        90       100    

     110       120       130       140       150         
KPRS_B REPITAKLFANLLETAGATRVIALDLHAPQIQGFFDIPIDHLMGVPILGE
       : ::.::. : .    :  ::. .:::: ::::::.::.:::   :.: .
KPRS_D RVPISAKVVAEMFMAVGVRRVLCMDLHAGQIQGFFNIPVDHLYAAPVLLK
          110       120       130       140       150    

     160       170       180       190       200         
KPRS_B YFEGKNLEDIVIVSPDHGGVTRARKLADRLKAPIAIIDKRRPRPNVAEVM
       . . .  ::.:.:::: ::: : :  : ::   .::::::: :::  : :
KPRS_D HIKKEFGEDVVMVSPDAGGVERTRAFAKRLNTGLAIIDKRRDRPNECEAM
          160       170       180       190       200    

     210       220       230       240       250         
KPRS_B NIVGNIEGKTAILIDDIIDTAGTITLAANALVENGAKEVYACCTHPVLSG
       ...:.. :: :::.::. ::::::   :  :.:::::::.::::::::::
KPRS_D HVIGDVRGKVAILMDDMADTAGTICNGAKTLLENGAKEVHACCTHPVLSG
          210       220       230       240       250    

     260       270       280        290       300        
KPRS_B PAVERINNSTIKELVVTNSIKLPEE-KKIERFKQLSVGPLLAEAIIRVHE
       :::::: :: .:  ::::.: : :: :   . :::::  :::.:: :.: 
KPRS_D PAVERITNSDLKSFVVTNTIPLGEEAKNCPKIKQLSVSALLADAIERIHN
          260       270       280       290       300    

      310      
KPRS_B QQSVSYLF
       . ::: ::
KPRS_D EDSVSSLF
          310

( выравнивание )

При данном выравнивании изменился вес (= 899), хотя совпадает число гэпов. Возможно, эта программа использует другие значения штрафов.

2. 

           
KPRS_BACSU        10 LKIFSLNSNPELAKEIADIVGVQLGKCSVTRFSDGEVQINIEESIRGCDC     59                                         
                     :||||.|::|:||.|||..:|:|:.:..|.:|||||:.:.|::::||.|.       
KPRS_DESPS         5 IKIFSGNAHPQLADEIAAHLGMQVSEADVRKFSDGEIFVEIKKNVRGTDA     54
                                                                              
KPRS_BACSU        60 YIIQSTSDPVNEHIMELLIMVDALKRASAKTINIVIPYYGYARQDRKARS    109
                     :|:|.|..|||:::|||::|||||:||||:.|..|:|||||||||||:..       
KPRS_DESPS        55 FIVQPTCTPVNDNLMELVLMVDALRRASARRITAVVPYYGYARQDRKSAP    104
                                                                              
KPRS_BACSU       110 REPITAKLFANLLETAGATRVIALDLHAPQIQGFFDIPIDHLMGVPILGE    159
                     |.||:||:.|.:....|..||:.:||||.||||||:||:|||...|:|.:       
KPRS_DESPS       105 RVPISAKVVAEMFMAVGVRRVLCMDLHAGQIQGFFNIPVDHLYAAPVLLK    154
                                                                              
KPRS_BACSU       160 YFEGKNLEDIVIVSPDHGGVTRARKLADRLKAPIAIIDKRRPRPNVAEVM    209
                     :.:.:..||:|:||||.|||.|.|..|.||...:|||||||.|||..|.|       
KPRS_DESPS       155 HIKKEFGEDVVMVSPDAGGVERTRAFAKRLNTGLAIIDKRRDRPNECEAM    204
                                                                              
KPRS_BACSU       210 NIVGNIEGKTAILIDDIIDTAGTITLAANALVENGAKEVYACCTHPVLSG    259
                     :::|::.||.|||:||:.||||||...|..|:|||||||:||||||||||       
KPRS_DESPS       205 HVIGDVRGKVAILMDDMADTAGTICNGAKTLLENGAKEVHACCTHPVLSG    254
                                                                              
KPRS_BACSU       260 PAVERINNSTIKELVVTNSIKLPEE-KKIERFKQLSVGPLLAEAIIRVHE    308
                     ||||||.||.:|..||||:|.|.|| |...:.|||||..|||:||.|:|.       
KPRS_DESPS       255 PAVERITNSDLKSFVVTNTIPLGEEAKNCPKIKQLSVSALLADAIERIHN    304
                                                                              
KPRS_BACSU       309 QQSVSYLF    316                                          
                     :.|||.||                                                 
KPRS_DESPS       305 EDSVSSLF    312

( выравнивание )

Данное выравнивание точно такое же, как частичное выравнивание программой water (см. выше)


© Alisa Garaeva