Программа BLAST




Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка KPRS_BACSU в разных банках

  Поиск по Swiss-Prot Поиск по PDB Поиск по "nr"
1. Лучшая находка
Accession P14193   1DKR_A  NP_387932.1 
E-value 0.0  0.0  0.0 
Вес (в битах) 645  645  645 
Процент идентичности 100%  100%  100% 
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено?
(число находок в списке описаний с E-value < 1e-10) 		183  9  3202 
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний 234  14  3492 
Accession Q73M27.1  3M3H_A  ZP_02080086.1 
E-value 0.95  0.85  0.99 
Вес (в битах) 34.7  30.8  38.9 
% идентичности 43%  26%  41% 
% сходства 65  45%  65% 
Длина выравнивания 37  76  37 
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) 215\251; 124\160  170\244; 91\164  214\250; 178\214 
Число гэпов 0%  4%  0% 

Исходный белок удалось найти в Swiss-Prot, "nr", а его структуру в банке PDB.
В банке Swiss-Prot 337 возможных гомологов (E-value последнего: 9.9), в PDB -31 (E-value последнего: 8.7), а в "nr" - 4084 гомолога (E-value последнего: 10.0).
Больше всего гомологов в "nr", т.к. он включает в себя все белковые последовательности из всевозможных источников.
Число находок было лимитировано значением E-value=10.

Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам

Лучший гомолог: KPRS2_SPIOL 

  ORGANISM  Spinacia oleracea
            Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
            Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; core eudicotyledons;
            Caryophyllales; Amaranthaceae; Spinacia.

Accession Q9XG99.1
E-value 4e-97
Вес (в битах) 353
Процент идентичности 54%
Процент сходства 73%
Длина выравнивания 313
Координаты выравнивания 7\316, 82\394
Число гэпов 1%

Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями

Выравнивание в BLASTP 

Query  7    DKNLKIFSLNSNPELAKEIADIVGVQLGKCSVTRFSDGEVQINIEESIRGCDCYIIQSTS  66
            +  LK+FS  +NP LAKE+A  +G++LGK  + RF+DGE+ + +EES+RGCD +IIQ TS
Sbjct  82   NTRLKLFSGLANPALAKEVAWYMGLELGKVKIKRFADGEIYVQLEESVRGCDVFIIQPTS  141

Query  67   DPVNEHIMELLIMVDALKRASAKTINIVIPYYGYARQDRKARSREPITAKLFANLLETAG  126
             P NE++MELLIM+DA +RASAK I  VIPY+GYAR DRK + RE I AKL ANL+  AG
Sbjct  142  PPANENLMELLIMIDACRRASAKNITAVIPYFGYARADRKTQGRESIAAKLVANLITEAG  201

Query  127  ATRVIALDLHAPQIQGFFDIPIDHLMGVPILGEYFEGKNL--EDIVIVSPDHGGVTRARK  184
            A RV+A DLH+ Q  G+FDIP+DH+   P++ +Y   K +   D+V+VSPD GGV RAR 
Sbjct  202  ANRVLACDLHSGQSMGYFDIPVDHVYCQPVILDYLASKGIASSDLVVVSPDVGGVARARA  261

Query  185  LADRLK-APIAIIDKRRPRPNVAEVMNIVGNIEGKTAILIDDIIDTAGTITLAANALVEN  243
             A +L  AP+AI+DKRR   NVAEVMN++G+++GK A+++DD+IDTAGTIT  A  L E 
Sbjct  262  FAKKLSDAPLAIVDKRRHAHNVAEVMNLIGDVKGKVAVMLDDMIDTAGTITKGAELLHEE  321

Query  244  GAKEVYACCTHPVLSGPAVERINNSTIKELVVTNSIKLPEEKKIERFKQLSVGPLLAEAI  303
            GA+EVYACCTH V S PA+ER+++   +E+++TN++ + E+    +   LS   LL E I
Sbjct  322  GAREVYACCTHAVFSPPAIERLSSGCFQEVIITNTLPVAEKNFFRQLTVLSTANLLGETI  381

Query  304  IRVHEQQSVSYLF  316
             RVH+  SVS +F
Sbjct  382  WRVHDDSSVSSIF  394

Oптимальное частичное выравнивание программой water

KPRS_BACSU        10 LKIFSLNSNPELAKEIADIVGVQLGKCSVTRFSDGEVQINIEESIRGCDC     59
                     ||:||..:||.||||:|..:|::|||..:.||:|||:.:.:|||:||||.
KPRS2_SPIOL       85 LKLFSGLANPALAKEVAWYMGLELGKVKIKRFADGEIYVQLEESVRGCDV    134

KPRS_BACSU        60 YIIQSTSDPVNEHIMELLIMVDALKRASAKTINIVIPYYGYARQDRKARS    109
                     :|||.||.|.||::||||||:||.:|||||.|..||||:||||.|||.:.
KPRS2_SPIOL      135 FIIQPTSPPANENLMELLIMIDACRRASAKNITAVIPYFGYARADRKTQG    184

KPRS_BACSU       110 REPITAKLFANLLETAGATRVIALDLHAPQIQGFFDIPIDHLMGVPILGE    159
                     ||.|.|||.|||:..|||.||:|.|||:.|..|:||||:||:...|::.:
KPRS2_SPIOL      185 RESIAAKLVANLITEAGANRVLACDLHSGQSMGYFDIPVDHVYCQPVILD    234

KPRS_BACSU       160 YFEGKNL--EDIVIVSPDHGGVTRARKLADRLK-APIAIIDKRRPRPNVA    206
                     |...|.:  .|:|:||||.|||.|||..|.:|. ||:||:||||...|||
KPRS2_SPIOL      235 YLASKGIASSDLVVVSPDVGGVARARAFAKKLSDAPLAIVDKRRHAHNVA    284

KPRS_BACSU       207 EVMNIVGNIEGKTAILIDDIIDTAGTITLAANALVENGAKEVYACCTHPV    256
                     ||||::|:::||.|:::||:||||||||..|..|.|.||:||||||||.|
KPRS2_SPIOL      285 EVMNLIGDVKGKVAVMLDDMIDTAGTITKGAELLHEEGAREVYACCTHAV    334

KPRS_BACSU       257 LSGPAVERINNSTIKELVVTNSIKLPEEKKIERFKQLSVGPLLAEAIIRV    306
                     .|.||:||:::...:|:::||::.:.|:....:...||...||.|.|.||
KPRS2_SPIOL      335 FSPPAIERLSSGCFQEVIITNTLPVAEKNFFRQLTVLSTANLLGETIWRV    384

KPRS_BACSU       307 HEQQSVSYLF    316
                     |:..|||.:|
KPRS2_SPIOL      385 HDDSSVSSIF    394

Оптимальное полное выравнивание программой needle 

KPRS_BACSU         0 --------------------------------------------------      0
                                                                       
KPRS2_SPIOL        1 MASPAPRSLSSSSSSSSSSFCPSISPPPRSPSRASLPFSVKCNTVEPLKL     50

KPRS_BACSU         1 -------------------------MSNQYGDKNLKIFSLNSNPELAKEI     25
                                              .|....:..||:||..:||.||||:
KPRS2_SPIOL       51 VNGKPSVPILDEQSLPKFLHSKRLESSVNRSNTRLKLFSGLANPALAKEV    100

KPRS_BACSU        26 ADIVGVQLGKCSVTRFSDGEVQINIEESIRGCDCYIIQSTSDPVNEHIME     75
                     |..:|::|||..:.||:|||:.:.:|||:||||.:|||.||.|.||::||
KPRS2_SPIOL      101 AWYMGLELGKVKIKRFADGEIYVQLEESVRGCDVFIIQPTSPPANENLME    150

KPRS_BACSU        76 LLIMVDALKRASAKTINIVIPYYGYARQDRKARSREPITAKLFANLLETA    125
                     ||||:||.:|||||.|..||||:||||.|||.:.||.|.|||.|||:..|
KPRS2_SPIOL      151 LLIMIDACRRASAKNITAVIPYFGYARADRKTQGRESIAAKLVANLITEA    200

KPRS_BACSU       126 GATRVIALDLHAPQIQGFFDIPIDHLMGVPILGEYFEGKNL--EDIVIVS    173
                     ||.||:|.|||:.|..|:||||:||:...|::.:|...|.:  .|:|:||
KPRS2_SPIOL      201 GANRVLACDLHSGQSMGYFDIPVDHVYCQPVILDYLASKGIASSDLVVVS    250

KPRS_BACSU       174 PDHGGVTRARKLADRLK-APIAIIDKRRPRPNVAEVMNIVGNIEGKTAIL    222
                     ||.|||.|||..|.:|. ||:||:||||...|||||||::|:::||.|::
KPRS2_SPIOL      251 PDVGGVARARAFAKKLSDAPLAIVDKRRHAHNVAEVMNLIGDVKGKVAVM    300

KPRS_BACSU       223 IDDIIDTAGTITLAANALVENGAKEVYACCTHPVLSGPAVERINNSTIKE    272
                     :||:||||||||..|..|.|.||:||||||||.|.|.||:||:::...:|
KPRS2_SPIOL      301 LDDMIDTAGTITKGAELLHEEGAREVYACCTHAVFSPPAIERLSSGCFQE    350

KPRS_BACSU       273 LVVTNSIKLPEEKKIERFKQLSVGPLLAEAIIRVHEQQSVSYLFS    317
                     :::||::.:.|:....:...||...||.|.|.|||:..|||.:|.
KPRS2_SPIOL      351 VIITNTLPVAEKNFFRQLTVLSTANLLGETIWRVHDDSSVSSIFQ    395

Сравнение выравниваний

Выравнивание в BLASTP Выравнивание в water Выравнивание в needle
Bec 906 876 874
Длина выравнивания 313 310 395
% идентичности 54% 54.2% 42.8%
% сходства 73% 73.2% 58.0%

1. Выравнивания в BLASTP и программой water различаются между собой, несмотря на то, что оба эти выравнивания частичные. Так, в water смещаются координаты начала выравнивания на 3 вперед. Из-за этого различаются значения веса и длины выравниваний. А так в целом выравнивания одинаковые.
2. Полное выравнивание программой needle начинается большим числом гэпов, т.е. достаточно длинный участок найденного гомолога не имеет сходств с моим белком.
3. Частичные выравнивания совпадают с участком полного выравнивания.

© Alisa Garaeva