Множественное выравнивание




Muscle и GeneDoc

Обозначения:

Цифры и буква слева - АС белка
Цифры справа - последний остаток в ряду
Цвет указывает процент сходных остатков в столбце:
.... - 100%,
.... - 80%,
.... - 60%.

Знаки над выравниванием:
Звездочка-каждый десятый столбец
Число сверху-каждый двадцатый столбец

Знаки под выравниванием:
Большая буква - 100% сходство
Маленькая - 80% сходство
Цифра - номер группы сходных аминокислот.

Выравнивание набора гомологов KPRS_BACSU

Структура выравнивания

1) Есть участки с повышенной долей консервативных позиций: 8-10, 24, 40-49, 61-62, 73-75, 91-98, 100-102, 110-113, 118, 136, 172-176, 201-203, 209, 237-248, 259-260, 263, 269, 279-280, 288-294, 305-307.
2) Особо интересен участок 237-248, который отчетливо просматривается в выравнивании.
3) Интересен и участок 219-229. Видно, что у последнего гомолога втавляется кусок последовательности, отсутствующий у других белков.
4) Примерно с 316 столбца выравнивание не имеет биологического смысла.
5) Функционально консервативные позиции образуют группы: DN, EQ, ST, KR, FYW, LIVM.
6) Среди функционально консервативных позиций больше всего раз встретилась группа LIVM.
7) При добавлении к группам новой, состоящей из аспартата и глутамата, ничего не изменилось.

Другие программы множественного выравнивания

Выравнивание программой edialign

Знакомство с некоторыми программами обработки множественных выравниваний

consambig

Программа объединяет выравнивания. 

>EMBOSS_001
mXXXXqwvivggwXXXXXXXXXXxxXXXxxXXXXXXXXXXPDXEXXXRXXXXXxxXXgXX
XXXXXXxxxXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXPYXXYXRXXXXXXXgEXXXXXxXXX
XXxXXXXXXXXXXXXHXXXXXxxXXXxxxxxxxxxyxxxxxXXXXxxxxxxxXXXXXXXP
DXXXXXXXXXXXXXXXXXsXXXXXKXRXXXXgXXXXXXxxxXXxxdetvnvdxxxxxXXX
XXDDIXXTGGTXXXXXXXXXXXGAXXXXXXXXHXXXXXXXXXXxxXXXXXXXXXXBXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXxxxxxklvsnl

distmat

Программа показывает эволюцию расстояния. 

Gap weighting is 0.000000

	    1	    2	    3	    4	    5	    6	    7	    8
	  0.00	 63.44	 63.19	 57.97	 67.62	 69.20	 68.44	 67.97		KPRS_METS3 1
		  0.00	 60.71	 59.71	 67.64	 67.91	 70.22	 61.82		KPRS_PYRKO 2
			  0.00	 63.31	 71.48	 65.34	 67.62	 65.49		KPRS_SULSO 3
				  0.00	 70.59	 67.78	 63.70	 65.59		KPRS_METJA 4
					  0.00	 71.59	 74.45	 72.14		KPRS_THEVO 5
						  0.00	 70.41	 71.28		KPRS_PYRAE 6
							  0.00	 77.74		KPRS1_ARCFU 7
								  0.00		KPRS_AERPE 8

plotcon

Программа строит график консервативности позиций на протяжении всего множественного выравнивания.


© Alisa Garaeva