Для исследования взят фрагмент, обведенный синей линией.
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | RRFPDGELYLRYDEDLTG | 1 | Найдена последовательность только моего белка |
| Сильный | [RDK]-[RVLIK]-[FY]-P-D-[GEN]-E-[LVKESIR]-[YL]-[LVFI]-R-[YLFIV]-[DPAEMV]-[ESGD]-[DANSE]-x(0,3) | 8 | Найдены последовательности только белков из выравнивания |
| Слабый | P-D-[GEN]-E-x-[YL]-[LVFI] | 24 | Найдены последовательности белков из выравнивания и последовательности других белков, не вошедших в выравнивание |
При составлении слабого паттерна я сократила паттерн, убрав по 3 позиции с переднего конца. Это делалось для того, чтобы программа нашла как можно большее число возможных последовательностей белков. В банке были найдены последовательности с названием, явно отличающимся от названия моего белка (HUTU_STAS1, NDHH_SYNP2, TAF9_ENCCU, VG37_BPAR1).
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00114 | PRPP_SYNTHASE | Катализирует образование PRPP от ATP. PRPP синтазы нуждаются в фосфатах и ионах магния для стабильности и активности. Мотив состоит из двух остатков аспарагиновой кислоты, а также гистидина. | Паттерн | D-[LIM]-H-[SANDT]-x-[QS]-[IMSTAVF]-[QMLPH]-[GA]-[FY]-F-x(2)-P-[LIVMFCT]-D | Специфична | 1 |
| PS00103 | PUR_PYR_PR_TRANSFER | Катализируют синтез ?-N-5'-монофосфатов от PRPP. Участвуют в биосинтезе пуринов, пиримидинов, и пиридиновых нуклеотидов. Мотив может быть частью PRPP-сайта связывания | Паттерн | [LIVMFYWCTA]-[LIVM]-[LIVMA]-[LIVMFC]-[DE]-D-[LIVMS]-[LIVM]-[STAVD]-[STAR]-[GAC]-x-[STAR] | Специфична | 1 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Является белком, серин / треонин киназа, деятельность которого не зависит от циклических нуклеотидов и кальция. Мотив находится в наиболее известных физиологических субстратах. | Паттерн | [ST]-x(2)-[DE][SorTisthephosphorylationsite] | Неспецифична | 4 |
| PS00008 | MYRISTYL | В мотив включены остатки глицина. | Паттерн | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}[GistheN-myristoylationsite] | Неспецифична | 3 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Осуществляет фосфорилирование серина или треонина. Повышает Vmax и Км реакции фосфорилирования. | Паттерн | [ST]-x-[RK] | Неспецифична | 5 |
| PS00004 | CAMP_PHOSPHO_SITE | Осуществляет фосфорилирование серина или треонина. | Паттерн | [RK](2)-x-[ST] | Неспецифична | 1 |
| PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | Есть несколько сообщений о случаях гликозилирования Asn-Хаа-Cys. Сайт находится в плазме белка C . | Паттерн | N-{P}-[ST]-{P} | Неспецифична | 2 |
