A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Модели структур A-, B- и Z-формы ДНК, построенные с помощью инструментов пакета 3DNA.


A-форма	В-форма	Z-форма

Средства RasMol для работы со структурами нуклеиновых кислот.


A-форма	В-форма	Z-форма

Сахарофосфатный остов ДНК выделен красным цветом, все азотистые основания-синим.

Направление гуанина относительно большой и малой бороздок.

A-форма

В сторону большой бороздки обращены атомы: C2 675, N2 676, N1 674, N3 677, C4 678, C6 672.
В сторону малой бороздки обращены атомы: N7 670, С8 669, N9 668.
Остальные атомы основания: C5 671, O2 673 находятся на границе.

B-форма

В сторону большой бороздки обращены атомы: С8 669, N7 670, C5 671, N9 668, C4 678, C6 672, N1 674, O2 673
В сторону малой бороздки обращены атомы: N3 677, C2 675, N2 676

Красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.

Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК.

	A-форма	B-форма	*Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (A)	25,93	35,62	31,52
Число оснований на виток	12	10	10
Ширина большой бороздки	18,49 (G33B.P-C12A.P)	20,58 (G13A.P-T23B.P)	23,51 (C4A.P-C12B.P)
Ширина малой бороздки	9,63 (T11A.P-A22B.P)	13,20 (G33B.P-G13A.P)	14,18 (C16B.P-C10A.P)

Сравнение торсионных углов в структурах А- и В-форм.

	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ
А-форма (RasMol)	-64.11	174.80	41.70	79.09	157.76	-65.12	-157.20
А-форма (презентация)	-62	173	52	88 или 3	178	-50	-160
B-форма (RasMol)	-85.87	136.35	31.14	143.40	146.77	-100.52	-107.92
B-форма (презентация)	-63	171	54	123 или 131	155	-90	-117

Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.

Tорсионные углы нуклеотидов.

Значения торсионных углов в заданной структуре тРНК больше всего похожи на А-формy ДНК.

Tорсионные углы в заданной структуре ДНК

Strand I

Strand II

Наиболее отклоняющиеся значения выделены желтым

Структура водородных связей

Hомера нуклеотидов, образующих стебли(stems) во вторичной структуре заданной тРНК:
Акцепторный стебель:501-507 и 576-566
D-стебель:509-512 и 525-522
T-стебель:548-553 и 565-560
Антикодоновый стебель:533-527 и 543-538
Hеканонические пары оснований в структуре тРНК: G528-A537, U533-C534, G526-A544, G522-U513, G502-U571.
Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: 4 связи.

Возможные стекинг-взаимодействия.

На рисунке представлены стекинг-взаимодействия пар CG/GC. Видно, что площадь их перекрывания попарно на столько сильна, что нижние основания почти не видны.