Объектом исследования стал кодирующий участок гена TUBB, данного мне на первом занятии блока.
Его последовательность была помещена в специальное окно интерфеса BLAST/BLAT, поиск проводился по кДНК в человеческом геноме.
Особенно интересно, что в данном браузере можно выбирать достаточно много параметров, например, можно выбрать вид, по геному которого будет осуществляться поиск, а также программы поиска последовательностей (BLASTN, TBLASTX и пр.) и базу данных: нуклеотидную (кДНК, РНК и пр.) или белковую. Можно настраивать и отдельные параметры вручную.
В результате, получаем такую картинку:
Полученная картинка иллюстрирует положение введенного мной участка в кариотипе, который, как видно, находится в 6-ой хромосоме.
Ниже нам выдается таблица со всеми основными параметрами, характеризующими находки: выравнивание, начало и конец запроса, начало и конец находки, название находки, наличие или отсутствие у него ориджина, полная длина выравнивания, E-value, Identities.
При необходимости можно дальше проходить по ссылкам, дающим больше информации о хромосомах.
Далее переходим по гиперссылке "Contig view".
Мы видим описание хромосомы 6, в которой был найден введенный участок:
Таким образом, можно более подробно рассмотреть структуру хромосомы, какие гены и последователности еще в нее входят. Стоит отметить, что, кликнув на участок схемы, можно увеличить её масштаб и тем самым с большей подробностью рассмотреть структуру.
Ниже можно увидеть более подробную структуру хромосомы:
Примечательно, что под картинкой есть объяснения, что означает тот или иной цвет. Сама хромосома обозначена лентой с перемеживающимися синими и голубыми участками - разными контигами. Под этой лентой-хромосомой размещены ID генов из Ensembl/Havana в точности там, где и лежат сами гены.
Еще ниже мы видим схему кодирующая ДНК (зеленая) из этого участка из EMBL/NCBI, выровненная с геномом. Красная линия - тот участок, который кодирует белок:
Таким образом, данная страница, описывающая контиги, мне очень понравилась. Она очень информированная, а за счет ярких иллюстраций понятная. Кроме того дается очень много информации о структере хромосомы, последовательности ДНК, других генах.
Теперь попытаемся повторить запрос того же участка, только ищем среди данных о Drosophila_melanogaster.
Самое интересное, что в итоге нашлось даже несколько вариантов:
Рассмотрим предложенную хромосому 2R:
Обратите внимание, что названия белка очень похожи! В человеке - это TUBB, а в дрозофиле - betaTub.
Вернемся опять к поиску по геному человека. Обращаем внимание на ссылки слева: здесь можно просмотреть варианты введенного гена с соответствующим у других существ. Причем информацию можно просмотреть как в виде (опять же) понятных картинок, так и в виде текста, т. е. последовательности, где красным цветом выделены сходные участки.
Мне понравился раздел Synteny (расположение нескольких генов на одной хромосомной нити):
Еще можеим перейти на Genetic Variation. Здесь можно посмотреть, как могут варьировать определенные нуклеотиды среди организмов вида.
Ниже есть ссылки и на другие браузеры.
Теперь немного походим по меню браузера. В каждом разделе предоставляется много данных с различными ссылками, так что можно путешествовать весь длительное время. Особенно это касается раздела Help & Documentation - подробное описание, ссылки.
