Комплексы ДНК-белок

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Модель ДНК, где
множество атомов кислорода рибозы - крупные красные шарики.
множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты - мелкие красные шарики
множество атомов азота в азотистых основаниях - голубые шарики
cкрипт

ДНК в проволочной модели, где выделены те же множества атомов.
cкрипт

Контакты разного типа в комплексе 1A02.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	0	0	0
остатками фосфорной кислоты	11	33	44
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	3	5	8
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

cкрипт

Как сказано, я исследовала только F и J цепи белка. На самом первом рисунке видно, что эти две цепи, представляющие собой спирали, вплетаются в ДНК, при этом они примерно повторяют форму остова. Этим можно объяснить наличие большого числа контактов с остатками фосфорной кислоты.

Cхемa ДНК-белковых контактов (получена с помощью программы nucplot)

Aминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК - Arg, так как на схеме он встречается чаще всего.

Атомы Arg - шарики. Видно, что контакты образуют в основном атомы N.

Aминокислотный остаток, по-моему мнению, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК - Gln, так как (как видно на схеме) он имеет контакт с аденином. Важно что это контакт именно с азотистым основанием, а не с остатками фосфорной кислоты. Таким образом, увеличиваются шансы распознать именно эту последовательность ДНК.

Видно, что контакты образуют только 2 атома Gln (синий и красный шарики).

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1N77.pdb

Участок структуры (расшифровку названий см. на рис. 2 в статье О.О.Фаворовой)	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' 501-507 3' 5' 566-572 3' Всего 7 пар	предсказано 5 пар из 7 реальных	предсказано 7 пар из 7 реальных
D-стебель	5' 510-513 3' 5' 522-525 3' Всего 4 пары	предсказано 0 пар из 4 реальных	предсказано 5 пар (почему-то) из 4 реальных
T-стебель	5' 549-553 3' 5' 561-565 3' Всего 5 пар	предсказано 0 пар из 5 реальных	предсказано 5 пар из 5 реальных
Антикодоновый стебель	5' 538-544 3' 5' 526-532 3' Всего 7 пар	предсказано 0 пар из 7 реальных	предсказано 5 пар из 7 реальных
Общее число канонических пар нуклеотидов	23	5	21

Так как программа не работает, я использовала web вариант. Ни одно изображение, построенное по алгоритму Зукера меня не устроило. Самый лучший вариант (и то там появилась лишняя пара в D-стебле):