Профили

Построение филогенетического дерева.

Таблица кодов.

Филогенетическое дерево построено программой fprotpars на основе полученного выравнивания. Молекулярные часы не учитывались, так как таксономия сильно различается. В результате программа выдала очень много вариантов деревьев, меня устроил такой:
скобочная формула

дерево:

Итак, по построенному дереву мы явно видим, архитектура 2 в ходе эволюции компактно отделилась от архитектуры 1, причем архитектура 2 присутствует только у одного таксона V, который в общем принадлежит к царству растений.

Выравнивание можно разделить по доменной архитектуре белков (1 и 2), так как доменные архитектуры образуют клады на дереве.

Построение профиля.

По построенным профилям для архитектур 1 и 2, сделаны следующие выводы:

График зависимости числа ошибок первого (False Negatives) и второго (False Positives) рода от порогового значения score для архитектуры 1.

Результаты для порога = 73,8

График зависимости числа ошибок первого (False Negatives) и второго (False Positives) рода от порогового значения score для архитектуры 2.

Результаты для порога = 100,05

Поиск по всему банку последовательностей SwissProt с помощью профиля для архитектуры 1 выдал 16 находок (порог = 74,0), причем найдено только 2 последовательности принадлежащие к архитектуре 1, по которой строился профиль. Остальные 14 последовательностей имеют очень похожую доменную архитектуру: везде присутствует домен P4Ha_N (PF08336), а домен, который выбирался изначально (2OG-FeII_Oxy (PF03171)) везде есть в модифицированном виде (на него навешаны ионы железа). Все 16 последовательностей являются альфа субъединицами Prolyl 4-hydroxylase, отсюда и их однообразие доменов.
Если изменить порог веса до 40 (число, которое следует из графиков ошибок), то в результате находится уже 348 последовательностей.
Таким образом, для архитектуры 1 удалось создать достаточно неплохой профиль, по крайней мере он находит последовательности из одного семейства, архитектуры которых очень похожи.

А поиск с помощью профиля для архитектуры 2, к сожалению, прошел не так хорошо. Так проведя поиск по установленному порогу = 100, не нашлось ни одной последовательности вообще. Поиск с порогом 50 тоже ничего не нашел, с порого 30 - 9 последовательностей, ни одна из которых не принадлежит к последовательности с архитектурой 2, по которым строился профиль. Зато 2 последовательности из найденных 9ти принадлежат к архитектуре 1, по которой строился профиль. Это странно. И вообще все найденные последовательности имеют архитектуру 1 и являются альфа субъединицами Prolyl 4-hydroxylase. Таким образом, построенный профиль плохой, неправильный. А может последовательностей с архитектурой 2, по которым строился профиль не было в банке swissprot (если такое возможно), тогда этим можно объяснить, что последовательностей вообще не нашлось и что с порогами 100 и 50 - нет результатов.
Для интереса был проведен еще поиск с порогом 10. Найдено 18 последовательностей - то же самое: 2 - с архитектурой 1 и ни одной с архитектурой 2.

Таким образом, для архитектуры 2 не удалось создать профиля, это может быть связано, что в этом случае для его построения использовали намного меньше последовательностей в выравнивании, чем для профиля с архитектурой 1.