Профили (ROC - кривая)




Построение профиля.

Составлен профиль данных последовательностей из семейства pf00680 на основе выравнивания в JalView.

Построение ROC - кривой.

Провели поиск по белкам вирусов с весом больше 1. Затем обрабатывали данные в Excel, считая находки, принадлежащие семейству pf00680, правильными, а остальные - неправильными. Для расчета осей ROC - кривой использовали формулы, как в предоставленном примере.

Поиск порога.

Подобрали порог веса для отличения правильных находок от неправильных и при таком пороге (4,3) создали таблицу результатов предсказания принадлежности семейству:



RdRP Не RdRP Всего
Предсказание RdRP 176 4 180
Предсказание не RdRP 69 2537 2606
Всего 245 2541 2786

Чувствительность (процент правильно предсказанных среди всех RdRP) =72%

Специфичность ( процент правильно не предсказанных среди не RdRP)=99%



© Alisa Garaeva