Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Анализ деревьев, содержащих паралоги.

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям.

Для получения указанных последовательностей использовалась команда seqret -sask. У CLOTE не забываем "обратить" последовательность.
Выравнивание получено программой muscle.
Реконструировала дерево программой fdnaml.

Реконструированное дерево по последовательности РНК малой субъединицы рибосомы (16S rRNA) +--GEOKA +---4 | | +-BACSU | +--5 | | +--ENTFA | +--3 | +-----LACAC | | +-CLOB1 2---1 | +--CLOTE | +------FINM2

Правильное дерево

Получилось неукорененное дерево, которое очень похоже на правильное. Нижня ветвь {CLOB1,CLOTE,FINM2} точно правильная, ветвь {LACAC,ENTFA} - тоже. Отличия с правильным деревом составляют только разнесенные BACSU и GEOKA, но они находятся не так далеко друг от друга на этом реконструированном дереве.
Таким образом, реконструкция дерева по нуклеотидным последовательностям, как мне показалось, эффективнее и полученные деревья правильнее по сравнению с деревьями, построенным по белкам (см. предыдущие отчеты).

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги.

Сначала нужно найти в выбранных бактериях достоверные гомологи белка CLPX_BACSU. Для этого воспользуемся файлом proteo.fasta на диске P, проводим поиск программой BLASTP гомологов (с разумным порогом на E-value, скажем, 0,001) и отбираем по мнемонике видов только те находки, которые относятся к отобранным мной бактериям.
Получаем последовательности полученных находок, выравниваем программой muscle.
Строим дерево этих гомологов программой fprotpars:

                          +-----------CLPX_ENTFA
                          !  
                       +--6        +--CLPX_GEOKA
                       !  !  +-----8  
                       !  !  !     +--CLPX_BACSU
                       !  +--7  
     +-----------------4     !     +--CLPX_CLOB1
     !                 !     +-----5  
     !                 !           +--CLPX_CLOTE
     !                 !  
     !                 +--------------B0S2N5_FIN
     !  
  +--3                             +--HSLU_ENTFA
  !  !                       +----12  
  !  !                       !     +--HSLU_LACAC
  !  !                 +----11  
  !  !                 !     !     +--CLPY_BACSU
  !  !                 !     +----10  
  1  +-----------------9           +--HSLU_GEOKA
  !                    !  
  !                    !           +--CLPE_BACSU
  !                    +-----------2  
  !                                +--CLPC_BACSU
  !  
  +-----------------------------------B0S0E3_FIN

Считая дерево реконструированным верно, можно указать несколько пар ортологов и несколько пар паралогов:

Ортологи:

Паралоги: