Онтологии




Gene Ontology

Описание функции белка KPRS_BACSU в соответствии с GO-аннотацией


  Онтология GO Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
Где?  Component  1  

Цитоплазма
Зачем, для чего?  Process  5  

Нуклеозидный метаболический процесс, биосинтез рибонуклеозид монофосфата и нуклеотидов, фосфорилирование, участие в клеточных биосинтетических процессах
Молекулярный механизм?  Function  3  

Pибоза фосфат дифосфокиназная активность, киназная активность, трансферазная активность
Специфичность?  Function  4  

Связывание нуклеотидов,ионов металлов, ионов магния, АТФ



Описание терминов GO


GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
 GO:0016310  -  

is_a biological_process (GO:0008150)
is_a cellular process (GO:0009987)
is_a metabolic process (GO:0008152)
is_a cellular metabolic process (GO:0044237)
is_a phosphorus metabolic process (GO:0006793)
is_a phosphate-containing compound metabolic process (GO:0006796)

 

is_a carbohydrate phosphorylation (GO:0046835)
is_a lipid phosphorylation (GO:0046834)
negatively_regulates negative regulation of phosphorylation (GO:0042326)
is_a nucleotide phosphorylation (GO:0046939)
is_a organic acid phosphorylation (GO:0031388)
is_a oxidative phosphorylation (GO:0006119)
is_a photosynthetic phosphorylation (GO:0009777)
positively_regulates positive regulation of phosphorylation (GO:0042327)
is_a protein phosphorylation (GO:0006468)
regulates regulation of phosphorylation (GO:0042325)
is_a signal transduction by phosphorylation (GO:0023014)

  GO:0046872  

narrow: heavy metal binding
exact: metal binding

  

is_a molecular_function (GO:0003674)
is_a binding (GO:0005488)
is_a ion binding (GO:0043167)
is_a cation binding (GO:0043169)

 

is_a alkali metal ion binding (GO:0031420)
is_a calcium ion binding (GO:0005509)
is_a lead ion binding (GO:0032791)
is_a magnesium ion binding (GO:0000287)
is_a metal chelating activity (GO:0046911)
is_a transition metal ion binding (GO:0046914)

  GO:0005737  -  

part_of cellular_component (GO:0005575)
part_of cell (GO:0005623)
part_of cell part (GO:0044464)
part_of intracellular (GO:0005622)
is_a intracellular part (GO:0044424)

 

part_of cytoplasmic part (GO:0044444)
is_a pole plasm (GO:0045495)
is_a sarcoplasm (GO:0016528)












Описание протеома Acholeplasma laidlawii.

Число белков протеома 1380. Запрос по имени организма в SRS для поиска в банке UniProtKB выдал 1430. Таким образом, расхождение в количестве белков не велико.
Из этого количества только 968 белкам приписан хоть один термин GO, это 67,69%.

Гистограмма терминов словарей, которые встречаются чаще всего.




Самые часто встречающиеся термины из каждого словаря: 

C	
cytoplasm 	        150
integral to membrane	96
plasma membrane	        68
ribosome         	44
membrane        	32
intracellular   	30
chromosome      	16


F	
ATP binding	                        190
DNA binding                       	85
structural constituent of ribosome	58
metal ion binding                	55
transporter activity             	44
RNA binding                     	37
rRNA binding                    	36
hydrolase activity              	34
nucleotide binding              	30
ATPase activity                 	30


P	
translation                      	60
proteolysis                        	29
carbohydrate metabolic process         	26
DNA repair                         	24               
transcription, DNA-dependent       	18
ATP hydrolysis coupled proton transport	18

На самом деле меня удивило, что только примерно 67% белкам приписан хоть один термин GO, так как я думаю, что это еще мало. Видимо протеом бактерии Acholeplasma laidlawii еще только изучается. Тем не менее описанны белки очень подробно, о чем свидетельствуют достаточно высокие значения терминов словарей на гистограмме. Кроме того, исходя из того, что терминов из словаря F встречается больше всего, можно предположить, что белки данной бактерии выполняют множество различных функций. Интересно, что значительное большинство белков встречается в цитоплазме, участвуют в связывании АТФ и в трансляции.


Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Заданный организм - пшеница.

Краткое описание таксона:

Triticum - Пшеница - wheat
Taxonomy ID: 4564
Rank: genus

Заданная функция - трансляция (translation)
Выбранный GO ID - GO:0006412
Словарь - biological process
Запрос к SRS: ([uniprot-Organism:Triticum*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0006412*]))
Найдено 110 белков:

fasta


© Alisa Garaeva