Описание трансмембранных белков с известной 3D структурой |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDB код | Тип | Число цепей | Число трансмембранных участков в ТМ единице | Число остатков в одном трансмембранном участке | Толщина мембраны в ангстремах | Наклон спиралей/тяжей к нормали | Какая мембрана, организм, "код транспортера", функция белка |
| 4a01 | альфа-спираль | 2 | 16 |
min 12 max 20 среднее 17 |
32.0 ± 0.8 A | 0 ± 0° | Мембрана вакуоли организм - Vigna radiata код не найден белок является пирофосфатазой, которая переносит протон |
| 1a11 | альфа-спираль | 1 | 1 | 17 | 24.4 ± 5.6 A | 17 ± 10° | Плазматическая мембрана эукариот организм - Rattus norvegicus код не найден белок является субъединицей дельта рецептора ацетилхолина |
| 4a2n | альфа-спираль | 1 | 5 |
min 15 max 22 среднее 17 |
30.6 ± 1.2 A | 10 ± 2° | Мембрана архебактерий организм - Methanosarcina acetivorans код не указан белок является интегральной мембранной метилтрансферазой |
| 3aeh | бета-баррель | 2 | 12 |
min 11 max 12 среднее 9 |
25.2 ± 1.1 A | 4 ± 0° | Наружняя мембрана грамотрицательных бактерий организм - Escherichia coli код не найден белок является протеозой связывающей гемоглобин |
| 3bry | бета-баррель | 1 | 14 | min 9 max 17 среднее 13 |
25.4 ± 1.5 A | 1 ± 2° | Наружняя мембрана грамотрицательных бактерий организм - Ralstonia pickettii код - 1.B.9.2.3 белок транспортирует толуол |
| 1by5 | бета-баррель | 1 | 22 |
min 6 max 9 среднее 7 |
24.7 ± 1.0 A | 5 ± 1° | Наружняя мембрана грамотрицательных бактерий организм - Escherichia coli код - 1.B.14.1.4 белок поглощает гидроксамат железа |
Tолщина мембраны эукариот принимает значения от 28 A до 34 A, и в среднем равна примерно 31 A.
Для внутренней мембраны грам-отрицательных бактерий этот показатель находится в тех же пределах, в среднем же он немного ниже и равен примерно 30 A.
Наружняя мембрана грам-отрицательных бактерий имеет уже меньшую толщину и в составляет в среднем 25 А.
Плазматическая мембрана грам-положительных бактерий толще, и имеет сходную с мембранами грам-отрицательных бактерий толщину
Для бетта-барелей соединения трансмембранных участков обычно невелики (7 - 13 остатков), для случая с альфа спиралями эти
участки больше (17 - 20 остатков).
Как видно из таблицы, для всех ТМ участков с альфа спиралями число остатков равно 17. Для бета тяжей это число в
среднем находится между 7 и 13, то есть меньше.
Кроме того, наблюдаются порой большие различия в min и max числах остатков, например у 4a01 и 4a2n.
A7MQ82 (FIEF_CROS8) является транспортером катионов (цинк, железо), участвует в детоксикации, располагается во внутренней мембране клетки. Белок имеет 6 трансмембранных спиралей.
Программа предсказала 6 трансмембранных спиралей в белке по введенной последователььности:
Гомолог FIEF_ECOLI транспортирует железо и отвечает за его детоксикацию, кроме того, может еще транспортировать цинк. Белок является
гомодимером, располагается во внутренней мембране клетки. Белок содержит 6 трансмембранных спиралей, 4 домена в цитоплазме и
3 домена в периплазме.
Структура гомолога:
Красный- внешнемембранная часть белка;
Желтый- трансмембранная часть белка;
Синий- внутримембранная часть белка;
Выравнивание с гомологом без разметки (mfs) и с разметкой (jar) . Ссылки не работают, поэтому
мелкая картинка того же выравнивания .
Таким образом, пользуясь различными серверами и разными методами сравнения, можно достаточно точно установить структуру белка. Не совсем достоверную информацию дает сравнение с гомологом с известной пространственной структурой, так как если посмотреть на выравнивание, то трансмембранные спирали в белке и гомологе находятся почти в одних и тех же местах, но есть сдвиг. Это говорит о том, что любой метод предсказания не может гарантировать 100%-ную точность. Таким образом, заданный мне белок имеет 6 трансмембранных спиралей.
