Мини-обзор генома бактерии Enterococcus mundtii

Результаты

3.1 Гистограмма длин белков E. mundtii
На основании данных о белках, представленных в геномной таблице E. mundtii, была построена гистограмма длин белков, отражающие особенности распределения белков из протеома по длине (числу аминокислотных остатков).

Рис. 1. Гистограмма длин белков на промежутках от 0 до 1099 аминокислотных остатков.
Наибольшее количество белков приходится на промежуток от 100 до 199, затем от 200 до 299, на третьем месте промежуток от 300 до 399 аминокислотных остатков.

Рис. 2. Гистограмма длин белков на промежутках от 1100 до 3199 аминокислотных остатков.
Можно заметить, что с увеличением длины кол-во белков соответствующей длины уменьшается – наблюдается тенденция на спад. Тем не менее, четкой закономерности нет – части промежутков не соответствует ни один белок, таким как, например, 1900-1999 или 2100-2199.

Таблица 1. Белки с наибольшей длиной.

name	product_length
QWxxN domain	3091
QWxxN domain	3073
QWxxN domain	2641
putative mucin/carbohydrate-binding domain-containing protein	2586
QWxxN domain	3165
isopeptide-forming domain-containing fimbrial protein	2552
QWxxN domain	2632

3.2 Распределение генов белков и разных типов РНК по репликонам

Таблица 2. Распределение по репликонам.

В столбце seq_type, где указан тип последовательности, встречается два значения: chromosome (хромосомная) и plasmid (плазмидная). Для каждого из этих значений было подсчитано кол-во встречающихся участков кодирующей области(CDS), а также кол-во встречающихся видов РНК.
Можно заметить, что плазмидного типа последовательности значение по каждому из видов РНК равно нулю. Отсутствие РНК в плазмиде может указывать на то, что плазмида не содержит генетической информации или что процесс изоляции плазмиды был неполным или неудачным, что менее вероятно, на мой взгляд, чем первый вариант.

3.3 Распределение генов РНК в геноме

В протеоме бактерии есть 85 генов, кодирующих РНК:
1.транспортная – 63 гена;
2.рибосомная – 18 генов;
3.некодирующая – 3 гена;
4.транспортно-матричная – 1 ген.

Рис. 3. Распределение типов РНК в хромосоме.

3.4 Исследование межгенных промежутков E. mundtii

На основании данных, приведенных в таблице генома бактерии, были построены гистограммы длин промежутков между соседними неперекрывающимися участками кодирующей области(CDS) на прямой (“+”) цепи.

Рис. 4. Гистограмма длин расстояний до 6000 пар нуклеотидов между генами. Наибольшее кол-во промежутков соответствующей длины приходится на промежуток от 1 до 1000 пар нуклеотидов. Это число соответственно равно 991. Таким образом, абсолютное большинство приходится именно на этот промежуток. Далее наблюдается тенденция на спад.

Рис. 5. Гистограмма длин расстояний от 6001 до 34000 пар нуклеотидов между генами.
На данных промежутках значение кол-ва подобных расстояний не превышает 25. Не было найдено ни одного промежутка длиной от 28001 до 30000 пар нуклеотидов.
Свыше 34000 было найдено два промежутка:
1. Белок-кодирующий CDS, расстояние которого до следующего гена равно 61798 парам нуклеотидов;
2. Белок-кодирующий CDS, расстояние которого до следующего гена равно 42842 парам нуклеотидов.

3.5 Распределение генов на прямой и обратной цепях

Были собраны данные о количестве генов на прямой и обратной цепях.

Рис. 6. Распределение генов на прямой и обратной цепи. Как можно наблюдать, разница в соотношение генов незначительная. На прямую (“+”) цепь приходится 51% всех генов E. mundtii, а на обратную (“-”) – 49%.