Множественное выравнивание как отражение эволюции белков
Чингариева Алия
Студентка первого курса факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М. В. Ломоносова,
2024 годВыбор семействa доменов из Pfam для анализа и его краткое описание
Для проведения анализа из таблицы доменов Pfam было выбрано семейство доменов PF00018 SH3_1.
| AC | ID | SEED | Full | Domain Architectures | 3D structures | Taxonomy |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PF00018 | SH3_1 | 55 | 189k | 4k | 527 | 9k |
Выравнивание seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
В таблице, доступной по ссылке ниже, представлено описание результатов анализа участков гомологичности последовательностей в выравнивании seed.
Таблица.
В выравнивании присутсвуют максимально достоверные блоки, что дает основание полагать, что выравнивание отражает ход эволюции.
Проект Jalview.
Построение карты локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
Таблица.
На карте локального сходства присутствует 1 разрыв, что соответствует инделям в выравнивании.