Описание Methionyl-tRNA synthetase, полученной из Staphylococcus aureus
Чингариева Алия
Студентка первого курса факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М. В. Ломоносова,
2024 годСтруктура в целом
В ходе этого практикума я изучила метионин-тРНК-синтетазу, полученную из Staphulococcus aureus. Относится к классу лигаз(VI). Общий вид структуры представлен ниже:
Рис. 1. Общий вид.
В структуре можно выделить одну полипептидную А-цепь. В биологическую единицу входит одна такая цепь — белок представляет собой мономер.
Отдельные цепи
По данным UniProt, полипептидная цепь этого белка относится к организму Staphylococcus aureus.
UniProt_id: Q5HII6
Единственная полипептидная цепь под названием Methionine—tRNA ligase участвует в инициации трансляции всех мРНК посредством аминоацилирования инициатора тРНК. Это делает ее незаменимой для всех клеток.
Мутации и модифицированные аминокислотные остатки отсутсвуют.
На фотографии ниже представлен данный белок, окрашенный по типу вторичной структуры:
Рис. 2. Окрашенный белок.
Альфа-спирали выделены бирюзовым, бета-листы — пурпурным, а участки, соединяющие элементы вторичной структуруры, — розовым.
Малые молекулы
В структуре белка присутствуют следующие типы молекул:
1. 29I or (phenylmethyl) N-[(2R)-2-[2-(4-bromanyl-3-oxidanyl-phenyl)-5-(methylcarbamoyl)benzimidazol-1-yl]-2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl]carbamate
2. ATP or ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
3. EDO or 1,2-ETHANEDIOL
4. ACY or ACETIC ACID
Выдержка из PDB-файла:
Рис. 3. Белковое окружение.