Чингариева Алия
Студентка первого курса факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М. В. Ломоносова,
2024 год
Обозреваемая мною бактерия — Enterococcus mundtii. Я произвела выборку среди 15464 результатов,
выданных базой данных UniProt. Поиск был осуществлен с помощью инструментов расширенного поиска:
в поле Organism [OS] было указано родовое и видовое имя бактерии (organism_id: 53346).
Для детального рассмотрения был выбран белок АТФ-зависимая цинк-металлопротеаза
(ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH), так как он один из наиболее аннотированных.
Действует как АТФ-зависимая цинк-металлопептидаза
как для цитоплазматических, так и для мембранных белков.
Играет роль в контроле качества интегральных мембранных белков.
В качестве кофактора выступают ионы Zn.
Был произведен расширенный поиск в UniRef по запросу uniprot_id:A0A1A6G8E7_ENTMU. Анализ размеров кластеров UniRef позволяет предположить, что исследуемый белок широко распространен и последовательность белка содержит много консервативных участков. На консервативность указывает, например, огромный размер кластера UniRef50 (size:4446).
Для начала я проверила, встречается ли данный белок у человека.
Результат поиска показал, что конкретный белок у человека обнаружен не был.
Запрос выглядел следующим образом: (protein_name:"ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH") AND (organism_id:9606)
Затем меня заинтересовало то, сколько существует металлопептидаз среди всех организмов. Введя номер EC (ec:3.4.24.-),
я обнаружила, что подобных белков на сегодняшний день аннотировано 249786, что не может не впечатлять.
Далее я решила проверить является ли данный белок характерной чертой E. mundtii. Поиск по названию (protein_name:"ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH")
выдал 56884 находки. На основании этой цифры можно смело предположить, что анализируемый белок не является характерной чертой E. mundtii.