Выравнивание последовательностей

Чингариева Алия

Студентка первого курса факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М. В. Ломоносова,

2024 год

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Aminodeoxychorismate synthase component 2 PABA_ECOLI PABA_BACSU 640 58,2 77,8 7 1
Alanine--tRNA ligase SYA_ECOLI SYA_BACSU 1982,5 44,7 63 36 13
Acetate kinase ACKA_ECOLI ACKA_BACSU 821 43 63,6 23 11

Для PABA_BACSU рекомендовано имя Aminodeoxychorismate/anthranilate synthase component 2.

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Aminodeoxychorismate synthase component 2 PABA_ECOLI PABA_BACSU 641 61,1 81,6 0 0 98,9% 95,4%
Alanine--tRNA ligase SYA_ECOLI SYA_BACSU 1986,5 44,9 63,4 34 13 99,5% 99,5%
Acetate kinase ACKA_ECOLI ACKA_BACSU 823,5 43,3 64,2 21 11 98,3% 98,7%

Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Характеристики глобального выравнивания.

Protein 1 Protein 2 ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
HTH-type transcriptional activator RhaS (L-rhamnose operon regulatory protein RhaS) Thymidylate synthase 2 (TS 2) (TSase 2) RHAS_ECOLI TYSY2_BACSU 30 2,9 5,3 440 13

Характеристики локального выравнивания.

Protein 1 Protein 2 ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
HTH-type transcriptional activator RhaS (L-rhamnose operon regulatory protein RhaS) Thymidylate synthase 2 (TS 2) (TSase 2) RHAS_ECOLI TYSY2_BACSU 36,5 20,5 43,2 8 1 12,9% 16,6%

Характеристики этих выравниваний демонстрируют нам то, что белки не являются гомологичными.

Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для анализа я выбрала белки с мнемоникой ACKA. Рекомендованное полное имя для ACKA_ECOLI — Acetate kinase.
Среди 316 аннотированных белков, выданных в результате поиска были отобраны пять: ACKA_METTE, ACKA_SALTY, ACKA_THEMA, ACKA_CLOAB, ACKA_METMA.

Выравнивание производилось с помощью UniProt, откуда было скачено. Затем была осуществлена визуализация в Jalview.

Все сравниваемые белки достаточно хорошо выровнились, что может указывать на их гомологичность. Практически на всем участке выравнивания мы можем видеть достаточно высокий процент идентичности/схожести, что может указывать на то, что это консервативные участки белков.

Проект в Jalview.