#! /usr/bin/env python
def begin(aseq,otherseq):
#---------------функция устанавливает абсолютный ноль выравнивания и определяет откуда начинается каждое из A---------------
#ищем самую длинную из A и ставим ее начало за абсолютный ноль
	ashort = []
	max = 0
	for i in range(len(aseq)):
		ashort.append('')
		for j in range(len(aseq[i][1])):
			if aseq[i][1][j]!='-':
				ashort[i]+=aseq[i][1][j]
		if len(ashort[i])>len(ashort[max]):
			max = i
#найдем индекс вхождения каждой из A в Amax - начальную координату вычислим
	start=[]
	for i in range(len(aseq)):
		start.append(ashort[max].index(ashort[i]))
#добавим гэпы в начало
	for i in range(len(aseq)):
		aseq[i][1] = '-'*start[i]+aseq[i][1]
		otherseq[i][1] = '-'*start[i]+otherseq[i][1]
		ashort[i] = '-'*start[i]+ashort[i]
#теперь промежуточные гэпы
	#сначала найдем максимально длинную последовательность
	maxfull = 0
	for i in range(len(aseq)):
		if len(aseq[i][1])>len(aseq[maxfull][1]):
			maxfull=i
	#затем проходим по всем индексам n
	n = len(aseq[maxfull][1])
	adds=[0]*len(aseq)
	i=0
	while i<n:
		for j in range(len(aseq)):
			if len(aseq[j][1])>n:
				n=len(aseq[j][1])
			if len(aseq[j][1])<=i:
				aseq[j][1]=aseq[j][1]+'-'
				otherseq[j][1]=otherseq[j][1]+'-'
			elif aseq[j][1][i]=='-' and start[j]+adds[j]<i:
				for k in range(len(aseq)):
					if len(aseq[k][1])<=i:
						aseq[k][1]+='-'
						otherseq[k][1]+='-'
					if aseq[k][1][i]!='-':
						aseq[k][1]=aseq[k][1][:i]+'-'+aseq[k][1][i:]
						otherseq[k][1]=otherseq[k][1][:i]+'-'+otherseq[k][1][i:]
					elif start[k]+adds[k]>i:
						adds[k]+=1
						aseq[k][1]=aseq[k][1][:i]+'-'+aseq[k][1][i:]
						otherseq[k][1]=otherseq[k][1][:i]+'-'+otherseq[k][1][i:]
				break
		i+=1
	return(aseq,otherseq)
print("Эта программа обрабатывает результаты выравнивания структур в Pymol для 3+ последовательностей")
print("Выравнивания A с B и A c С преобразовываются в ABC выравнивание")
print("Название входного файла:")
file = open(input(), 'r')
print("Название выходного файла:")
output = open(input(), 'w')
aseq = []
otherseq = []
#получаем последовательности
for line in file:
	anal = line.strip()
	if anal in "0123456789":
		aseq.append([file.readline().strip(), file.readline().strip()])
		otherseq.append([file.readline().strip(), file.readline().strip()])
ansa, ansother = begin(aseq,otherseq)
output.write(ansa[0][0]+'\n')
output.write(ansa[0][1]+'\n')
for i in range(len(ansa)):
	output.write(ansother[i][0]+'\n')
	output.write(ansother[i][1]+'\n')
#print(*ansa)
#print("************************************************************************")
#print(*ansother)
file.close()
output.close()