//1 - simid.py
#! /usr/bin/env python
print("Эта программа определяет пары белков с совпадающими мнемониками функции.")
print("На вход принимаются два списка идентификаторов (ID) записей.")
print("Введите название первого файла с ID записей:")
list1 = open(input(), 'r')
print("Введите название второго файла с ID записей:")
list2 = open(input(), 'r')
print("Введите название файла, куда хотите записать ('-' вывести в выводном потоке):")
out = input()
l1 = [line.strip() for line in list1]
l2 = [line.strip() for line in list2]
l1.sort()
l2.sort()
ans = []
i = 0
j = 0
while i<len(l1) and j<len(l2):
        one = l1[i][:l1[i].index('_')]
        two = l2[j][:l2[j].index('_')]
        if one == two:
                ans.append([l1[i], l2[j]])
                i+=1
                j+=1
        elif [one, two]==sorted([one, two]):
                i+=1
        else:
                j+=1
if out!='-':
        outfile = open(out, 'w', encoding="utf-8")
        for pair in ans:
                outfile.write('\t'.join(pair)+'\n')
	outfile.close()
else:
        for pair in ans:
                print('\t'.join(pair), end='\n')
list1.close()
list2.close()

//2 - simidmod.py
#! /usr/bin/env python
import random
print("Эта программа выбирает три пары белков с совпадающими мнемониками функции.")
print("//мнемоники, начинающиеся на 'Y' целенаправленно отбрасываются")
print("На вход принимаются два списка идентификаторов (ID) записей.")
print("Введите название первого файла с ID записей:")
list1 = open(input(), 'r')
print("Введите название второго файла с ID записей:")
list2 = open(input(), 'r')
l1 = [line.strip() for line in list1]
l2 = [line.strip() for line in list2]
l1.sort()
l2.sort()
ans = []
i = 0
j = 0
while i<len(l1) and j<len(l2):
        one = l1[i][:l1[i].index('_')]
        two = l2[j][:l2[j].index('_')]
        if one == two and one[0]!='Y':
                ans.append([l1[i], l2[j]])
                i+=1
                j+=1
        elif [one, two]==sorted([one, two]):
                i+=1
        else:
                j+=1
print(*random.choice(ans))
print(*random.choice(ans))
print(*random.choice(ans))
list1.close()
list2.close()

//3 - indel.py
#! /usr/bin/env python
print("Эта программа подсчитывает число инделей в выравнивании.")
print("На вход принимается fasta файл с результатом выравнивания.")
print("Введите название этого файла:")
file = open(input(), 'r')
#получаем первую и вторую последовательность
seq = True
seq1 = ''
seq2 = ''
file.readline().strip()
for line in file:
        if line[0]=='>':
                break
        seq1+=line.strip()
for line in file:
        seq2+=line.strip()
#считаем число инделей
count = 0
if seq1[0]=='-':
        count+=1
for i in range(1, len(seq1)):
        if seq1[i]=='-' and seq1[i-1]!='-':
                count+=1
if seq2[0]=='-':
        count+=1
for i in range(1, len(seq2)):
        if seq2[i]=='-' and seq2[i-1]!='-':
                count+=1
#print(f"Первая последовательность: {seq1}")
#print(f"Вторая последовательность: {seq2}")
print(f"Число инделей: {count}")
file.close()