Практикум 3

Структура в целом

Рассматривается молекула белка - синтаза 3-амино-5-гидроксибензойной кислоты (AHBA synthase). В структуре присутствует только одна уникальная полимерная цепочка – chain A. 1 биологическая единица состоит из 2 идентичных асимметрических субъединиц, в каждую из которых входит единственная цепь A.

Отдельные цепи

Анализ единственной цепочки A, состоящей из 388 аминокислот.

Данная макромолекула относится к Amycolatopsis mediterranei (штамм S699) – грамположительной бактерии с таксономическим идентификатором 713604 NCBI. Uniprot_id: O52552. Согласно базе Uniprot цепь носит название 3-амино-5-гидроксибензоат синтазы (AHBA synthase), EC:4.2.1.144, альтернативное название – предполагаемая UDP-каносаминсинтаза, субъединица аминотрансферазы (putative UDP-kanosamine synthase aminotransferase subunit). Структура обеспечивает, во-первых, катализ дегидратации и ароматизации aminoDHS до AHBA, соединения, которое затем служит стартовой единицей для сборки поликетида во время биосинтеза рифамицина B и других антибиотиков ансамицина. Во-вторых, в комплексе с RifL RifK может действовать как трансаминаза, вводящая азот в первый промежуточный продукт пути (UDP-3-keto-D-glucose), с образованием UDP-kanosamine.
Относительно референса из Uniprot в последовательности есть 10 мутаций, вызванных изменениями в нуклеотидной последовательности ДНК, среди них снижения и потери активности AHBA-синтазы.
В составе A цепи также есть модифицированный аминокислотный остаток в позиции 188 и модификация инициатора метионина – его удаление. Ссылка на документ с соответствующими строками в файле pdb.

Малые макромолекулы

В записи присутствует только одна малая молекула - пиридоксаль-5'-фосфат.

Соединение, по данным PDB, представляет собой лиганд с формулой C₈H₁₀NO₆P.
Строки в файле pdb с соответствующей молекулой.

Дополнительная информация

Представленная в структуре малая молекула определяет возможность работы AHBA-синтазы. Так как фермент относится к классу PLP зависимых, то логично предположить, что малая молекула лиганда связана с выполнением функции белка. При этом, наряду с ингибитором в процессе получения структуры PLP также добавлялась искусственно.