Практикум 15

Сборка de novo

Автор старался, но не может гарантировать отсутствие биологических ошибок.

Отчет (pdf-формат)

Подготовка к выполнению практикума

Проверка качества исходных чтений.

1. Подготовка чтений программой trimmomatic

• Качество чтений после первого триммирования
• Качество чтений после второго триммирования
• Сравнение результатов проверки

2. Подготовка k-меров длины k=31

3. Сборка на основе k-меров

• Длины всех контигов и их покрытия из stats.txt
• ID, длины всех контигов, их покрытия из contigs.fa

4. Анализ программой megablast

Координаты участков выравнивания для трёх самых длинных контигов

6*. Запуск SPAdes