Практикум 1

Филогенетическое дерево

Автор старался, но не может гарантировать отсутствие биологических ошибок.

**Таблица 1.** Отобранные бактерии.
Название	Мнемоника
Aromatoleum aromaticum	AROAE
Burkholderia mallei	BURMA
Haemophilus influenzae	HAEIN
Neisseria meningitidis	NEIMA
Polynucleobacter asymbioticus	POLAQ
Roseobacter denitrificans	ROSDO
Serratia proteamaculans	SERP5
Thiobacillus denitrificans	THIDA

Скобочная формула дерева

(ROSDO, ((NEIMA, ((THIDA, AROAE), (POLAQ, BURMA))),(HAEIN,SERP5)));

Изображение дерева

The tree for my organisms — Рисунок 1. Визуализация дерева отобранных бактерий при помощи iTOL.

Нетривиальные ветви (разбиения множества листьев)

Дерево содержит пять нетривиальных ветвей:

{ROSDO, SERP5, HAEIN, NEIMA, AROAE, THIDA} против {BURMA, POLAQ}
{ROSDO, SERP5, HAEIN, NEIMA, BURMA, POLAQ} против {AROAE, THIDA}
{ROSDO, SERP5, HAEIN, NEIMA} против {AROAE, THIDA, BURMA, POLAQ}
{ROSDO, SERP5, HAEIN} против {NEIMA, AROAE, THIDA, BURMA, POLAQ}
{ROSDO, NEIMA, AROAE, THIDA, BURMA, POLAQ} против {SERP5, HAEIN}

Практикум 2

Задание 1

**Таблица 2.** Таксономия отобранных бактерий.
Название	Мнемоника	Таксономия
Aromatoleum aromaticum	AROAE	cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Rhodocyclales; Rhodocyclaceae; Aromatoleum
Burkholderia mallei	BURMA	cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; pseudomallei group
Haemophilus influenzae	HAEIN	cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus
Neisseria meningitidis	NEIMA	cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Polynucleobacter asymbioticus	POLAQ	cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Polynucleobacter
Roseobacter denitrificans	ROSDO	cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Roseobacteraceae; Roseobacter
Serratia proteamaculans	SERP5	cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia
Thiobacillus denitrificans	THIDA	cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Nitrosomonadales; Thiobacillaceae; Thiobacillus

Таксоны, выделяемые нетривиальными ветвями моего дерева:

Burkholderiales - {BURMA, POLAQ}
Betaproteobacteria - {NEIMA, AROAE, THIDA, BURMA, POLAQ}
Gammaproteobacteria - {SERP5, HAEIN}