Практикум 10

Для выполнения задания был выбран домен PF00030 - Beta/Gamma crystallin. Всего белков с этим доменом 21k, из них из swissprot 107. Crystallin - водорастворимый структурный белок, который содержится в хрусталике и роговице глаза, обеспечивая прозрачность структуры (также был обнаружен в других областях, таких как сердце, и в агрессивных опухолях рака молочной железы). Поскольку было показано, что повреждение хрусталика может способствовать регенерации нервов, кристаллин стал предметом исследований в области нервной системы. На данный момент было продемонстрировано, что кристаллин β b2 (crybb2) может способствовать развитию нейронных отростков.
Согласно описанию в pfam, выравнивание включает в себя два ключевых greek мотива, поскольку сходство между ними очень мало, посмотрим как это отразится на поиске сигналов. Вырванивание seed содержит 74 последовательности.
Далее работа с выравниванием шла в Jalview, удалять идентичные последовательности не пришлось, даже при пороге redundancy в 80% они не обнаруживались.
По внешней оценке информационного содержания при покраске Clustal c identity порогом в 50 и 60% был выбран участок 63-73 как консервативный.
Паттерн этого мотива: Y[E,Q].P[N,G]Y.G[R,Y]QY.
В результате поиска по этому паттерну во всем выравнивании получилось 14 находок. Результат не слишком хороший, но зато все мотивы были обнаружены в одних и тех же столбцах, участок выравнивания представлен на рисунке 1.
Выбранный паттерн в формате prosite: Y-[EQ]-x-P-[NG]-Y-x-G-[RY]-Q-Y.
Выполним поиск по этому паттерну в базе данных SwissProt в PROSITE. Получено 68 находок в 65 последовательностях. Белки, в которых паттерн обнаружился дважды: CRGA_MOUSE, CRGA_RAT, CRGS1_CHIID. Для них домен Crystall встречается в последовательности не раз. В целом, мне кажется, паттерн достаточно точно описывает искомый мотив.