Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка в разных банках

Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка XXXX_BACSU

	Поиск по Swiss-Prot	Поиск по PDB	Поиск по "nr"
1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка)
Accession	P40406.1	3BMX_A	NP_388047.1
E-value	0.0	0.0	0.0
Вес (в битах)	1320	1320	1320
Процент идентичности	100%	100%	100%
2. Число находок с E-value < 10–10	134	21	7351
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний	184	28	10331
Accession	A4G7V9.1	2NU9_A	YP_003160439.1
E-value	0.86	0.99	0.97
Вес (в битах)	35.4	32.3	41.6
% идентичности	37%	34%	21%
% сходства	61%	46%	42%
Длина выравнивания	49	76	217
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	517-565; 132-176	224-286; 40-112	117-318; 668-874
Число гэпов	4	16	25

Мне удалось найти исходный белок в Swiss-Prot и его структуру 3BMX в банке PDB. Разумеется в банке PDB структур намного меньше белков, так как не для всех описанных белков есть смоделированные структуры. В Non-redundant protein sequences ищется по всем базам, поэтому результатов в сотни раз больше.

Swiss-Prot последняя находка E-value = 8.4
PDB последняя находка E-value = 7.9
Non-redundant protein sequences последняя находка E-value = 9.8

Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам

Задача - найти лучшего гомолога ybbD_bacsu, филогенетически как можно более далекого.
Были проверены следующие таксоны:

• 'Eukaryota' (другое царство);
• 'Actinobacteria' (другой отдел того же царства бактерий);
• 'Clostridia' (другой класс того же отдела Firmicutes);
• 'Lactobacillales' (другой порядок того же класса Bacilli);
• 'Listeriaceae' (другое семейство того же порядка Bacillales);
• 'Geobacillus' (другой род того же семейства Bacillaceae);
• 'Bacillus anthracis' (другой вид того же рода).

Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам

	Eukaryota	Actinobacteria	Clostridia	Lactobacillales	Listeriaceae	Geobacillus	Bacillus anthracis
Результаты с фильтром таксонов.
Номер находки в списке описаний	1	1	1	Не найдено	Не найдено	Не найдено	Не найдено
Accession	Q5BCC6.1	Q7WUL3.1	P14002.2	.	.	.	.
E-value	4e-24	1e-42	1e-13	.	.	.	.
Вес (в битах)	109	161	72.4	.	.	.	.
% идентичности	23%	26%	26%	.	.	.	.
% сходства	41%	44%	44%	.	.	.	.
Длина выравнивания	625	553	330	.	.	.	.
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	38-618; 52-585	42-582; 26-528	136-459; 68-339	.	.	.	.
Число гэпов	135	62	64	.	.	.	.

Самый первый подходящий гомолог из царства Eukaryota.

BLAST двух последовательностей

Было выполнено парное выравнивание с помощью BLAST белка ybbd_bacsu и гомолога из царства Eukaryota, сначала с порогом на E-value 10, затем с порогом 0.01. Получены карты локального сходства для двух выравниеваний (Рис.1-2).

Рис.1-2. Карты локального сходства двух парных выравниваний белка ybbd_bacsu и его гомолога из царства Eukaryota с порогом на E-value 10 и 0.01 соответственно.

Как можно заметить, изменение E-value никак не повлияло на карту локального сходства.