EMBOSS

Программный пакет EMBOSS

EMBOSS (the European Molecular Biology Open Software Suite) - свободно распространяемый программный пакет для нужд молекулярных биологов. Программы пакета работают с различными форматами входных данных и обеспечивают эффективный поиск необходимых последовательностей в сети.

Программа infoseq

Функция:

возвращает основную информацию о последовательности белков или ДНК.
Описание:

infoseq выводит информацию об одной или нескольких последовательностях, эта информация включает в себя Uniform Sequence Address, имя белка, код доступа, тип (нуклеиновая кислота или белок), длина (количество остатков), организм, из которого выделена последовательность, и описание.
Синтаксис:

infoseq [сокращенное название базы данных]:[идентификатор в этой базе].

Параметр	Описание
-outfile	По умолчанию выводится через стандартный выводной поток, если указать файл, то информация запишется в него.
-html	Показать информацию в виде таблицы HTML
-only	Способ сократить выводимую информацию, благодаря выбору конкретных позиций.
-heading	Показывать или нет заголовки таблицы
-usa	Показывать USA
-name	Показывать имя сиквенса
-accession	Показывать код доступа
-type	Показывать тип сиквенса
-length	Показывать количество остатков в сиквенсе
-organism	Показывать название организма
-description	Показывать описание
-help	Показать описание программы

Примеры

infoseq sw:ybbd_bacsu -html

USA Database Name Accession Type Length Organism Description

sw-id:YBBD_BACSU sw YBBD_BACSU P40406 P 642 Bacillus subtilis (strain 168) Uncharacterized lipoprotein YbbD (ORF1) (Precursor)
infoseq sw:ybbd_bacsu -only -name -accession -organism

Name Accession Organism
YBBD_BACSU P40406 Bacillus subtilis (strain 168)