Содержит ли Swissprot послание инопланетян?

Для того, чтобы посчитать теоретическую встречаемость слова cigar, нужно перемножить доли всех аминокислот (получим 2,64е-7), затем умножить на общее количество аминокислот в банке UniProt (191 670 831). В результате, слово cigar встречается 50 раз теоретически.

Для выяснения реальной ситуации, когда cigar ищется как паттерн, был использован сервис ScanProsite портала ExPASy. Найдено 19 хитов в 19 последовательностях.

Почему же обнаружено в 2,5 раза меньше слов? Может инопланетяне не любят сигары?

Нахождение вероятных гомологов белка ybbD_BACSU в банке SwissProt с помощью паттернов

Паттерн - это общая формула функционально важных участков, выявленных на основе множественного выравнивания последовательностей белков, принадлежащих к хорошо изученному семейству. Паттерны позволяют быстро получить информацию о функциях неизвестного белка.

Так, на основе множественного выравнивания,для белка ybbD_BACSU были составлены несколько паттернов разной степени силы. Результаты поиска гомологов с помощью ScanProsite по паттернам представлены в таблице 1.

Табл.1.

Находилось очень мало последовательностей из множетсвенного выравнивания. Это я могу объяснить только тем, что для поиска сиквенсов для множетсвенного выравнивания использовалась база данных RefSeq, а поиск паттернов производился по базе SwissProt.

Нахождение всех мотивов PROSITE в последовательности белка ybbD_BACSU

Мотив в аминокислотной последовательности - набор консервативных остатков, важных для функции белка и расположенных на определенном (обычно коротком) расстоянии друг от друга в последовательности. В таблице 2 представлены мотивы белка ybbD_BACSU.

Табл.2.