Составление семейства гомологов с помощью PSI-BLAST

Теперь в BLAST нужно выбирать алгоритм PSI-BLAST. Рабочий белок - Q246C0, у P40406 гомологов слишком много, очень долго придется прогонять алгоритм. Поиск производился по базе RefSeq с порогом e-value 0,005. После первого применения алгоритма, выделяем все последовательности, которые ниже порога (с более низким e-value), и запускаем алгоритм снова. И так до тех пор, пока алгоритм не сойдется, т.е. престанут появляться новые последовательности. Результаты представлены в таблице 1.

Таблица 1.

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	58	XP_002020128.1	0.003	XP_004374902.1	0.01
2	72	XP_002648497.1	0.002	XP_003223763.1	0.036
3	72	NP_001171930.1	5e-5	XP_003223763.1	0.037
4	72	XP_003387958.1	2e-04	XP_003223763.1	0.033
5	71	XP_003387958.1	2e-04	XP_003223763.1	0.015
6	71	XP_003387958.1	3e-04	XP_003223763.1	0.016

Далее, нажав на ссылку Multtiple alignment, получим множественной выравнивание последовательностей, сохраним это в формате fasta. Файл можно посмотреть здесь. На рисунке 1 представлено выравнивание через средства jalview.

Рис.1. Выравнивание гомологов, найденных алгоритмом PSi-BLAST. Видно, что белки гомологичны, сомнений нет.