Некоторые особенности последовательности белка ybbD_BACSU.

1. Первые 16 аминокислотных остатка, возможно, являются сигнальным пептидом.

   ID   YBBD_BACSU_1;  parent: YBBD_BACSU
   FT   SIGNAL        1     16       Potential.
   SQ   Sequence    16 AA;
        MRPVFPLILS AVLFLS
   //
   	 

2. C 75 по 84 АК тянется альфа-спираль.

   ID   YBBD_BACSU_9;  parent: YBBD_BACSU
   FT   HELIX        75     84
   SQ   Sequence    10 AA;
        DEVASLVKKY
   //
   		  

3. C 233 по 235 АК цепь делает поворот.

   ID   YBBD_BACSU_24;  parent: YBBD_BACSU
   FT   TURN        233    235
   SQ   Sequence     3 AA;
        SHY
   //
   		  

Список PDB-структур

1. PDB:3BMX
2. PDB:3LK6
3. PDB:3NVD

Запросы в SRS

Таблица встречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка ybbD_Bacsu из Bacillus subtilis

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Глюкозидаза (исходя из описания белка)	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:glycosidase*] ! [swissprot-Description:fragments*]))	10
Гидролаза, в частности глюкозидаза	(([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:protein*] ! [swissprot-Description:fragments*])) & ([swissprot-Keywords:Glycosidase*] & [swissprot-Keywords:hydrolase*]))	4
Глюкозидаза в мембране	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Keywords:Glycosidase*] & [swissprot-Keywords:membrane*]))	5
Бета-глюкозидаза	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-AllText:beta-glucosidase*])	9

Т.к. поиск в SRS не дал достаточного количества результатов, была использована база данных UniProt. По запросу "((([libs={uniprot swissprot}-Taxonomy:Firmicutes*] & ([libs-AllText:beta-glucosidase*] ! [libs-AllText:fragments*])) & [libs-Keywords:Glycosidase*]) & (([libs-Keywords:Carbohydrate*] & [libs-Keywords:metabolism*]) | [libs-Keywords:Carbohydrate metabolism*])) " было найдено 16 белков, из которых было выбрано десять для дальнейшей работы. Последовательности этих белков можно посмотреть здесь. Другая информация о белках представлена в этой таблице.

Поле "Taxonomy" в банке SwissProt

На "bacil" начинаются следующие таксоны:

1. bacillaceae
2. bacillales
3. bacillariaceae
4. bacillariales
5. bacillariophyceae
6. bacillariophycidae
7. bacillariophyta
8. bacilli
9. bacillus

Число описанных белков из рода bacillus равно 23118.

Число описанных белков из отдела Firmicutes равно 68230.