Нуклеотидные банки данных

Банк RefSeq

REFSEQ_DNA:NC_001133	NC_001133	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 	230218	
REFSEQ_DNA:NC_001134	NC_001134	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 	813184	
REFSEQ_DNA:NC_001135	NC_001135	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 	316620	
REFSEQ_DNA:NC_001136	NC_001136	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 	1531933	
REFSEQ_DNA:NC_001137	NC_001137	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 	576874	
REFSEQ_DNA:NC_001138	NC_001138	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 	270161	
REFSEQ_DNA:NC_001139	NC_001139	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 	1090940	
REFSEQ_DNA:NC_001140	NC_001140	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 	562643	
REFSEQ_DNA:NC_001141	NC_001141	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 	439888	
REFSEQ_DNA:NC_001142	NC_001142	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 	745751	
REFSEQ_DNA:NC_001143	NC_001143	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 	666816	
REFSEQ_DNA:NC_001144	NC_001144	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 	1078177	
REFSEQ_DNA:NC_001145	NC_001145	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 	924431	
REFSEQ_DNA:NC_001146	NC_001146	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 	784333	
REFSEQ_DNA:NC_001147	NC_001147	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 	1091291	
REFSEQ_DNA:NC_001148	NC_001148	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 	948066

XI хромосома:

Длина - 666816 п.о.
Количество генов - 334.
Количество тРНК - 16.

Ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов - gene="MMP1", YLL061W
Ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов - gene="PAU18", YLL064C
Ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон - gene="RPS0B", YLR048W
Ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон - gene="COF1", YLL050C

Получение последовательности, кодирующей заданный белок

Идентификатор белка в банке SwissProt P40406, в EMBL L19954. С помощью команды

 entret  embl:L19954 l19.fasta

была получена запись о послдовательности из банка EMBL, в которой тегом CDS выделены кодирующие участки последовательности (указаны границы). В моем белке было выделено 6 участков. Их последовательности были получены с помощью команд:

seqret l19.fasta[155:2083] cds1.fasta
seqret l19.fasta[2097:3341] cds2.fasta
seqret l19.fasta[3532:5121]  cds3.fasta
seqret l19.fasta[5212:6165]  cds4.fasta
seqret l19.fasta[6184:7188]  cds5.fasta
seqret l19.fasta[7181:7442]  cds6.fasta

Затем все последовательности были собраны в один файл.