UCSC

Ген белка кератина человека K1C9_HUMAN был найден в геномном браузере UCSC.

• короткое имя гена - KRT9, длинное имя - Homo Sapiens keratin 9
• закодирован на - цепи
• находится в хромосоме 17
• принадлежит к плечу и полосе chr17(q21.2)
• координаты гена в последовательности хромосомы 39,722,715-39,728,931
• альтернативные продукты - 1 Homo sapiens junction plakoglobin
• число экзонов альтернативного продукта - 9, длина - 745 ак.

Было получено изображение с параметрами: гены USCS и RefSeq, метилирование ДНК, консервативность последовательности среди млекопитающих, полиморфизмы.

Рис.1. Ген krt9 в геномном браузере UCSC.

Ensembl

C помощью этого браузера было произведено выравнивание гена кератина 9 с гомологичным в шимпанзе.

Рис.2. Выравнивание гомологичных белков кератина 9 у человека и шимпанзе.

Выравнивание в формате clustal можно посмотреть здесь. Гены отличаются очень мало, поскольку кератин очень консервативный белок. Можно заметить делецию 1-2 нуклеотидов и вставку GT - повторов в гене человека и с десяток измененных нуклеотидов. Если перейти по ссылке variation table, то можно узнать количество полиморфизмов - 1177. Получается очень эффектная картинка, если перейти по ссылке variation image.

С помощью команды distmat пакета EMBOSS была подсчитана разница между генами.

	    1	    2
	  0.00	  0.71		homo_sapiens_1-6217 1
		  0.00		pan_troglodytes_1-6217 2

Число 0.71 означает количество замен на 100 нуклеотидов, оно очень маленькое, что говорит о близости последовательностей.

Можно сделать вывод, что различия между генами людей намного привышают различия между геномами человека и шимпанзе.