Поиск ДНК-белковых контактов

Скрипт

select all; cartoon on; cpk off; wireframe off; color cpk;
pause; 
restrict dna; cartoon off; wireframe on;
pause; 
select *.O?'; cpk 200; color red; 
select *.OP?; cpk 150; color gold; 
select *.N? and dna; cpk 150; 

Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	6	60	66
остатками фосфорной кислоты	20	18	38
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	2	3	5
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	2	7	9

Больше неполярных взаимодействий, потому что в целом в белке больше неполярных молекул.

Рис.1. Схема взаимодействия ДНК и белка.

Видно, что наибольшее число взаимодействий осуществляет Thr194.Думаю, для распознавания последовательности более важны остатки Arg67, Phe211, т.к. они связываются именно с азотистыми основаниями.

Рис.2. Arg67 связывается с гуанином.

Рис.3. Phe211 связывается с гуанином.

Предсказание вторичной структуры тРНК

Команда einverted запущена с параметрами

Gap penalty [12]: 12
Minimum score threshold [50]: 15
Match score [3]: 3
Mismatch score [-4]: -4 

Результат с 1 инвертированным повтором, который наиболее приближенн к тому, что находит find_pair. При расширении параметров поиска, находится повторы, не соответствующие действительности.

mfold не работал, воспользовалась аналагом в интернете.

                                   
 Initial dG =    -28.30

               10          
-----      .-UC|  .-AA  GG 
     GGGGUA    GCC    GC  U        Акцепторная и D - петли
     CCCCAU    UGG    CG  A
ACCGA      \ --^  \ --  GA 
  70                    20 


                         30   
                    A     UUC 
                     CCGGA   \
                     GGCCU   U       Антикодоновая петля
                    A     UAG 
                     40       


                50    
                  UUC 
             CGAGG   \       T-петля
             GCUCC   G
                  UAA 
              60      
			

	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-902-907-3' 5'-966-971-3' Всего 6 пар	5'-901-906-3' 5'-963-968-3' 6 пар, но найдено не полностью верно	Найдено верно все 6 пар
D-стебель	5'-10-12-3' 5'-23-25-3' Всего 3 пары	Не найдено	Найдено всё
T-стебель	5'-49-53-3' 5'-61-65-3' Всего 5 пар	Не найдено	Найдено всё
Антикодоновый стебель	5'-26-31-3' 5'-39-44-3' Всего 6 пар	Не найдено	Найдено 5 из 6
Общее число канонических пар нуклеотидов	23	0	22