Standalone BLAST

Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

Задача: определить, есть ли белок похожий на yBBD_BACSU в геноме Listeria monocytogenes.

Число находок с E-value < 0,001	2
E-value лучшей находки	4e-19
Название последовательности с лучшей находкой	Listeria monocytogenes strain EGD, complete genome, segment 12/12
Координаты лучшей находки (от-до)	148376-147162
Доля последовательности вашего белка, вошедшая в выравнивание с лучшей находкой	436/642

Поиск гомологов некодирующих последовательностей программой BLASTN

grep -c tNNNNN blasttrna2.fasta - найдет количество находок именно для данной последовательности, где NNNNN - это номер тРНК.

C помощью команды

 blastn -task blastn -query trna.fasta -db lm_genome.fasta  -evalue 0.01
-outfmt 6 -out blasttrna2.fasta

были найдены хиты в геноме Listeria monocytogenes. Cкрипт помог сосчитать количество этих хитов. Файл Excel с результатами работы скрипта можно скачать здесь.

Поиск гомологов при изменённых параметрах программы BLASTN

Повторили то же самое, но с измененными параметрами программы:

blastn -task blastn -query trna.fasta -db lm_genome.fasta  -evalue 0.01 
-outfmt 6 -out blasttrna2.fasta -reward 5 -penalty -4 -gapopen 8 -gapextend 6

blastn -task blastn -query trna.fasta -db lm_genome.fasta  -evalue 0.01 
-outfmt 6 -out blasttrna3.fasta -reward 5 -penalty -4 -gapopen 8 -gapextend 6 
-word_size 4

Анализ результатов

Уменьшение длины слова приводит к тому, что находится большее количество хитов. Поэтому для выравнивания я взяла хит, найденный при длине слова 4.

Привожу выравнивание needle тРНК из B.subtilis и найденной тРНК с помощью третьей команды.

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: BSn5_t20894
# 2: AL591982
# Matrix: EDNAFULL
# Gap_penalty: 8.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 72
# Identity:      66/72 (91.7%)
# Similarity:    66/72 (91.7%)
# Gaps:           1/72 ( 1.4%)
# Score: 302.0
# 
#
#=======================================

BSn5_t20894        1 tgggctatagccaagcggtaaggcaatggactttgactccgtgat-cgtt     49
                     ||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||.|||||.|| ||.|
AL591982           1 tgggctatagccaagcggtaaggcaacggattttgattccgtcatgcgct     50

BSn5_t20894       50 ggttcgaatccagctagcccag     71
                     ||||||||||||||||||||||
AL591982          51 ggttcgaatccagctagcccag     72

Выровнялось хорошо, почти нет сомнений, что эта нужная нам тРНК. Проверим этот участок в геноме исследуемой бактерии.

В геноме бактерии этот участок тоже аннотирован Gln-тРНК, но дальше на 3 нуклеотида.

FT   tRNA            115782..115856
FT                   /product="transfert RNA-Gln"
FT                   /note="tRNAscan-SE vs 1.3 result - Cove score = 68.97"