Сбор информациии

Идентификатор моего фермента -Р36551, митохондриальная кислород-зависимая копропорфириноген-III оксидаза (Oxygen-dependent coproporphyrinogen-III oxidase) ЕС - 1.3.3.3, что означает, что фермент принадлежит к классу оксидредуктаз (1), к подклассу ферментов, использующих в качестве донора связь СН-СН(3), к подподклассу ферментов, использующих в качестве акцептора кислород(3), и, наконец, этот фермент имеет порядковый номер 3, что означает, что это копропорфириноген оксидаза. Фермент осуществляет реакцию:
Coproporphyrinogen-III + O(2) + 2 H(+) <=> protoporphyrinogen-IX + 2 CO(2) + 2 H(2)O

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot

1. Ферменты с ЕС 1.-.-.- 38620
2. Ферменты с ЕС 1.3.-.- 3043
3. Ферменты с ЕС 1.3.3.- 360
4. Ферменты с ЕС 1.3.3.3 240

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями

У мыши 548 белков того же класса - оксидредуктаз. Ферментов с ЕС 1.3.-.- 46, с ЕС 1.3.3.- 5, с ЕС 1.3.3.3 один. Здесь последовательности белков мыши в fasta-формате.
Здесь последовательности моего фермента в fasta-формате.
Здесь список ID и ЕС ферментов оксидаз мыши.
Для поиска сходной к моему белку последовательности среди оксидаз мыши, была создана база данных:
makeblastdb -in mus_oxidase.fasta -dbtype prot -out gt
Затем бластовали с порогом e-value 10 по умолчанию:
-query homo_oxidase.fasta -db gt -outfmt 7 -out res2.txt
Получили следующее:

Белок	ID	e-value	EC
HEM6_MOUSE	P36552	0.0	1.3.3.3
AOC2_MOUSE	Q812C9	1.1	1.4.3.21
CP240_MOUSE	P56657	4.9	1.14.14.1

Можно со 100% уверенностью утверждать, что гомологом моего фермента является белок HEM6_MOUSE мыши, т.к. он принадлежит к той же группе ферментов и e-value ранво 0. Остальные два найденные белка выровнялись с высоким e-value, да и принадлежат к другому уже подклассу, поэтому я не считаю их гомологичными моему белку.