vkВконтакте
kodomoallakarpova@kodomo.fbb.msu.ru
GMailvseokeyboss@gmail.com
Учебный сайт
   Карповой Аллы
Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья, содержащие паралоги.



Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Бактерия Сокращенное название AC Координаты 16S рРНК Цепь
Bacillus subtilis BACSU AF008220 485-2034 Прямая
Clostridium tetani CLOTE AЕ015927 8715-10223 Обратная
Enterococcus faecalis ENTFA AЕ016830 1018187-1019708 Прямая
Finegoldia magna FINM2 AP008971 611796-613319 Прямая
Lactococcus lactis LACLM AМ406671 511423-512971 Прямая
Staphylococcus epidermidis STAES AE015929 1722288-1723841 Обратная
Streptococcus pyogenes STRP1 AЕ004092 17169-18503 Прямая
Были получены последовательности 16S рРНК ранее изучаемых бактерий, последовательности выровнены с помощью JalView и программы muscle, по ним построено дерево методом Maximum Likelihood. дерево

Рис.1. Дерево, построенное на основе нуклеотидных последовательностей 16S рРНК. дерево

Рис.2. Идеальное дерево.

Можно заметить, что деревья обсолютно одинаковые, что говорит о том, что некодирующие нуклеотидные последовательности рРНК лучше отражают родство организмов, чем белковые.

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Из файла proteo.fasta были отобраны все гомологи белка CLPX_BACSU с e-value меньше 0.001, далее из них были отобраны только принадлежащие изучаемым бактериям:
		CLPX_BACSU
		CLPX_STAES
		CLPX_CLOTE
		CLPX_ENTFA
		CLPX_LACLM
		B0S2N5_FINM2
		CLPX_STRP1
		J7M389_STRP1
		HSLU_ENTFA
		CLPY_BACSU
		HSLU_STAES
		Q890L5_CLOTE
		CLPC_BACSU
		CLPE_BACSU
		A2RIW9_LACLM
		Q899V4_CLOTE
		CLPC_STAES
		B0S3X9_FINM2
		B0S0E3_FINM2
		Q99XR9_STRP1	
		J7MBF9_STRP1
		J7M6I1_STRP1
		Q9A200_STRP1
		Q82YZ7_ENTFA
		Q899H3_CLOTE
		B0S3J0_FINM2
		Q891B9_CLOTE
		Q837W9_ENTFA
		
Последовательности этих белков были выровняны с помощью JalView и программы muscle, затем составлено дерево в программе MEGA алгоритмом Maximum Likelihood. дерево

Рис.2. Дерево гомологов белка CLPX_BACSU.

Паралоги Q899H3_CLOTE и Q891B9_CLOTE или B0S3X9_FINM2 и B0S3J0_FINM2.
Ортологи, например, CLPX_BACSU и CLPX_STAES.


© Алла Карпова

Дата последнего редактирования: 13.05.2014

Valid HTML 4.01 Transitional Правильный CSS!