Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Бактерия	Сокращенное название	AC	Координаты 16S рРНК	Цепь
Bacillus subtilis	BACSU	AF008220	485-2034	Прямая
Clostridium tetani	CLOTE	AЕ015927	8715-10223	Обратная
Enterococcus faecalis	ENTFA	AЕ016830	1018187-1019708	Прямая
Finegoldia magna	FINM2	AP008971	611796-613319	Прямая
Lactococcus lactis	LACLM	AМ406671	511423-512971	Прямая
Staphylococcus epidermidis	STAES	AE015929	1722288-1723841	Обратная
Streptococcus pyogenes	STRP1	AЕ004092	17169-18503	Прямая

Были получены последовательности 16S рРНК ранее изучаемых бактерий, последовательности выровнены с помощью JalView и программы muscle, по ним построено дерево методом Maximum Likelihood.

Рис.1. Дерево, построенное на основе нуклеотидных последовательностей 16S рРНК.

Рис.2. Идеальное дерево.

Можно заметить, что деревья обсолютно одинаковые, что говорит о том, что некодирующие нуклеотидные последовательности рРНК лучше отражают родство организмов, чем белковые.

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Из файла proteo.fasta были отобраны все гомологи белка CLPX_BACSU с e-value меньше 0.001, далее из них были отобраны только принадлежащие изучаемым бактериям:

		CLPX_BACSU
		CLPX_STAES
		CLPX_CLOTE
		CLPX_ENTFA
		CLPX_LACLM
		B0S2N5_FINM2
		CLPX_STRP1
		J7M389_STRP1
		HSLU_ENTFA
		CLPY_BACSU
		HSLU_STAES
		Q890L5_CLOTE
		CLPC_BACSU
		CLPE_BACSU
		A2RIW9_LACLM
		Q899V4_CLOTE
		CLPC_STAES
		B0S3X9_FINM2
		B0S0E3_FINM2
		Q99XR9_STRP1	
		J7MBF9_STRP1
		J7M6I1_STRP1
		Q9A200_STRP1
		Q82YZ7_ENTFA
		Q899H3_CLOTE
		B0S3J0_FINM2
		Q891B9_CLOTE
		Q837W9_ENTFA
		

Последовательности этих белков были выровняны с помощью JalView и программы muscle, затем составлено дерево в программе MEGA алгоритмом Maximum Likelihood.

Рис.2. Дерево гомологов белка CLPX_BACSU.

Паралоги Q899H3_CLOTE и Q891B9_CLOTE или B0S3X9_FINM2 и B0S3J0_FINM2.
Ортологи, например, CLPX_BACSU и CLPX_STAES.