Создание профиля

Для создания профилей были выбраны следующие последовательности:

16_P_A4BA69_9GAMM
16_P_B3PHW3_CELJU
16_P_D0LQ00_HALO1
16_P_Q09IY8_LYSEN
16_P_Q6BCG0_LYSEN
16_P_Q8GCZ5_LYSEN
		 

Эти последовательности относятся к архитектуре Glyco_hydro_16 + CBM_6 и к филуму Proteobacteria. На дереве они образуют отдельную кладу.

Для построения профиля сервере kodomo воспользовалась пакетом HMMER 3.0. Для этого в JalView выбранные выровненные последовательности были сохранены в формате .stk. Коммандой

		hmmbuild align.hmm prof.stk
		

был построен профиль.

Проферка профиля

C помощью команды

		hmmsearch -o search.out align.hmm seq.fasta
		

был произведен поиск профилем по всем последовательностям, включающим изучаемый домен CBM_6. В этом файле находилось 1477 последовательностей, профилем нашлось 1243, что не столь отличается от исходного файла.

В таблице Excel приведены все расчеты и оценки работы профиля.

Порог на E-value: 0,0001

TP	5
FP	1092
TN	380
FN	0
	
R (чувствительность)	1
PPV (избирательность)	0,004557885
		

Порог на E-value	1,00E-44

TP	5
FP	34
TN	1438
FN	0
	
R (чувствительность)	1
PPV (избирательность)	0,128205128
		

Избирательность профиля низкая, последовательности из золотого стандарта проходят по нижней границе e-value: 1е-44, т.е. сделать выше избирательность уже нельзя, не понизив чувстительность.