Таксономия выбранных бактерий

Bacillus subtilis	BACSU	Firmicutes, Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
Clostridium tetani	CLOTE	Firmicutes, Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Enterococcus faecalis	ENTFA	Firmicutes, Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus
Finegoldia magna	FINM2	Firmicutes, Clostridia; Clostridiales; Clostridiales incertae sedis; Clostridiales Family XI. Incertae Sedis; Finegoldia
Lactococcus lactis	LACLM	Firmicutes, Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus
Staphylococcus epidermidis	STAES	Firmicutes, Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Streptococcus pyogenes	STRP1	Firmicutes, Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus

На филогенетическом дереве есть ветви, которые разделяют некоторые таксоны (Рис.1). Ветви 1 и 2 разделяют Clostridia и Bacilli, ветви 3 и 4 разделяют Lactobacillales и Bacillales, ветви 5 и 6 разделяют Streptococcaceae и Enterococcaceae.

Рис.1.Филогенетическое дерево отобранных бактерий.

Реконсрукция дерева белков

Для работы выбрано семейство факторов инициации трансляции 2 (IF2). С помощью команды seqret были скачены последовательности всех IF2 выбранных бактерий. Затем с помощью JalView и программы muscle эти последовательности были выровнены, окрашены по проценту идентичности и представлены в блочной форме с шириной блока 100 нуклеотидов(Рис.2).

Рис.1.Привильное филогенетическое дерево отобранных бактерий.

Рис.2. Выравнивание факторов инициации трансляции 2 выбранных бактерий с окраской по проценту идентичности.

Затем 4 различными способами в JalView были построены филогенетические деревья последовательностей (Рис.3-6).

Рис.3. Дерево, созданное с помощью алгоритма Average Distance Using % Identity. Ветви 2,3,5 есть в правильном дереве - это 1,2,4 соответственно.

Рис.4.Дерево, созданное с помощью алгоритма Neighbour Joining Using % Identity Ветвь 4 есть на правильном дереве - это 1 ветвь.

Рис.5. Дерево, созданное с помощью алгоритма Average Distance Using BLOSUM62 Ветвь 2, 5 есть на правильном дереве - это 5, 4 соответственно.

Рис.6. Дерево, созданное с помощью алгоритма Neighbour Joining Using BLOSUM62 Ветвь 2,3,4 есть на правильном дереве - это 2, 3, 5 соответственно.

Далее с помощью MEGA, используя алгоритм Maximum Parsimony, было построено ещё одно дерево этих последовательностей. Верное укоренение позволило составить дерево идентичное правильному (Рис.7).

Рис.7. MEGA дерево последовательностей IF2 отобранных бактерий.