Укоренение в среднюю точку

С помощью программы retree было произведено укоренение дерева в среднюю точку (Рис. 1,2)

Рис.1.Дерево, созданное с помощью алгоритма Neighbour Joining Using BLOSUM62.

Рис.2.Дерево, скорректированное методом Midpoint root the tree.

Рис.3. Идеальное дерево.

Дерево, укорененное в центр, очень похоже на идеальное, ветви 3 у обоих совпадают, а также ветвь 2 укорененного и 1 идеального, но все-таки есть и различия, поэтому одинаковыми эти деревья считать нельзя.

Использование внешней группы

Укоренять деревья можно с помощью внешней группы, если добавить в выравнивание белок другого организма, постороить заново дерево, указать ветвь этого организма корнем, а затем просто взять дерево без этой ветви (Рис.4).

Рис.4. Дерево, укорененное методом внешней группы.

Дерево получилось идеальным.

Бутстрэп

С помощью программы MEGA с использованием бутстреп-анализа было построено новое дерево на основе выравнивания последовательностей фактора инициации трансляции 2. Оказалось, что исходное дерево отличается от построенного методом бутстреп (Рис. 5,6).

Рис.5. Исходное дерево.

Рис.6. Дерево, построенное бутстреп-анализом.

Дерево, составленное с использованием бутстреп-анализа, получилось правильным.