Семейство доменов Coronavirus spike glycoprotein S2

ID: CoV_S2 AC: PF01601 seed: 37 full: 86 domain architecture: 34

Структура и описание домена

Гликопротеин Spike является крупнейшим из четырех основных структурных белков, обнаруженных у коронавирусов. Белок-шип собирается в тримеры, которые образуют большие структуры, называемые шипами или пепломерами, которые выступают из поверхности вириона. Характерный внешний вид этих шипов при визуализации с помощью трансмиссионной электронной микроскопии с негативным окрашиванием, «напоминающий солнечную корону», дал семейству вирусов его основное название. Функция шипового гликопротеина заключается в обеспечении проникновения вируса в клетку-хозяина путем сначала взаимодействия с молекулами на внешней поверхности клетки, а затем слияния вирусной и клеточной мембран. Коронавирусы используют очень разнообразный набор рецепторов; SARS-CoV (вызывающий атипичную пневмонию) и SARS-CoV-2 (вызывающий COVID-19) взаимодействуют с ферментом, превращающим ангеотензин 1 в ангеотензин 2. Гликопротеин обладает высокой иммуногенностью. Антитела против Spike гликопротеина обнаруживаются у пациентов, перенесших SARS и COVID-19. Нейтрализующие антитела нацелены на эпитопы рецепторсвязывающего домена. Большинство усилий по разработке вакцины против COVID-19 в ответ на пандемию COVID-19 направлены на активацию иммунной системы против белка.

Таксономическая распространенность

Группа: Вирусы

Реалм: Riboviria

Царство: Orthornavirae

Тип: Pisuviricota

Класс: Pisoniviricetes

Порядок: Nidovirales

Семейство: Коронавирусы

Помимо коронавирусов домен представлен в некоторых других вирусных представителях, однако в них он куда более малочисленен.

Seed

342-367 Абсолютный блок в выравнивании не всех(четырех последовательностей, ссылка ниже) Функциональной или абсолютной консервативности в выравнивании всех последовательностей мы не наблюдаем 519-648 блок, маловероятно отражающий ход эволюции и не являющийся консервативным в выравнивании всех последовательностей На основе полученных данных мы можем предположить, что последовательности слабо гомологичны, так как в выравнивании всех последовательностей мы не нашли гомологичных блоков, однако в какой-то степени гомологичность мы все же наблюдаем, в выравнивании не всех последовательностей инструментом Mafft

Architectures

Были выбраны две доменные архитектуры, которые представлены на изображении ниже

В первой 29 белков, во второй 24 белка. В выравнивании достоверны блоки с 14 по 108, 148-239, 322-445, 454-513, 524-646, 672-878, 880-1273 для группы 1, в группе 2 достоверных блоков меньше, однако можно предположить, что для каждой архитектуры достоверные участки оставленных нами белков в вырванивании по группам довольно большие, однако на представленном выравнивании можно также отметить наличие достоверных блоков для всех последовательностей, из первой и второй групп. Соответственно разделение произошло, но не везде. Возможно, это связано с тем, что мною выбраны соседние домены.

Local similarity of Q2EEY3_9BETC and SPIKE_FIPV

Dot график позволяет распознать три инделя, а также понять, что белки практически идентичны