6O1S Структура домена протеазы калликреина в плазме крови человека с ингибитором

Плазменный калликреин (pKal) - это серин-протеаза, ответственная за расщепление высокомолекулярного кининогена для получения провоспалительного пептида, брадикинина. Нерегулируемая активность pKal может привести к наследственному ангионгоотеку (HAE) после избыточного высвобождения брадикинина. Атаки HAE могут привести к компрометации дыхательных путей, которые могут угрожать жизни. Поскольку существуют ограниченные агенты для профилактики приступов HAE, существует высокая неудовлетворенная потребность в терапевтическом агенте для регулирования pKal с высокой степенью специфичности. Здесь мы представляем кристаллические структуры как полной длины, так и протеазный домен pKal, связанные с двумя очень разными классами маломолекулярных ингибиторов: соединение 1 и BCX4161. Оба ингибитора демонстрируют низкую ингибирующую активность nM для pKal и различную специфичность для связанных с ними серин-протеаз. Соединение 1 использует удивительный способ взаимодействия, и при связывании приводит к перегруппировке привязки. Модифицированные аминокислоты: N-гликозилированный аспарагин. В последовательности присутствуют четыре мутации. Белок состоит из одной цепи. Биологическая единица совпадает с ассиметрической

Рис 1Общая структура
Рис 2Вторичная структура
Рис 3Данные Uniprot о цепи А
Рис 4Лиганд 7SD

Для микромолекулы 7SD на рисунке изображены аминокислотные остатки на расстоянии 5 амгстрем от молекулы лиганда

Рис 5Окружение лиганда 7SD

Взаимодействия аминокислот белка

Рис 6Водородные связи с остовом белка
Рис 7Водородные связи с боковым радикалам аминокислоты Аспарагиновой кислотой и Глицина
Рис 8Солевой мостик между Аспарагиновой кислотой и Лизином
Рис 9Дисульфидные связи
Рис 10Стекинг взаимодействия

Калликреин плазмы крови человека

Выступает в роли катализатора, избирательно расщепляя связи Arg-|-Xaa и Lys-|-Xaa, включая связи Lys-|-Arg и Arg-|-Ser в (человеческом) кининогене, с высвобождением брадикинина. Образуется из плазменного прокалликреина (фактора Флетчера) фактором XIIa. Активирует факторы свертывания крови XII, VII и плазминоген. Селективен в отношении Arg > Lys в P1, в низкомолекулярных субстратах.Принадлежит к семейству пептидаз S1.

Остатки каталитического центра

Рис 10Аргинин 416
Рис 11Триптофан 399
Рис 12Триптофан 404
Рис 13Связь остатков каталитичесокго центра с окружением
Рис 14Связь остатков каталитичесокго центра с окружением
Рис 15Связь остатков каталитичесокго центра с окружением
Рис 16Остатки каталитического центра, расстояния между ними
Рис 17Связь остатков каталитического центра с ингибитором

Структура микромолекулы 7SD