Задание 1
Methanococcus jannaschii
Запрос :(proteome:UP000645676)
Получил 1197 результатов.
Привлекла Шикимат-дегидрогеназа, т. к. шикиматный путь меня очень интересовал в биохимии микроорганизмов, также цитируемость 3/5
Задание 2
Участвует в биосинтезе хоризмата, который приводит к биосинтезу ароматических аминокислот. Катализирует обратимое восстановление 3-дегидрошикимата (DISA), связанное с NADPH, с получением шикимата (SA) Относится к классу ферментов-оксидредуктаз
Задание 3
Для поиска кластеров использую UniRef
Запрос UniProt AC (A0A832T1A5)
Задание 4
protein_name:"Shikimate dehydrogenase (NAD(+))"
Было получено 24 результата, и можно сделать вывод, что данный фермент встречается в основном в прокариотических протеомах, и только в 2 из 24 результатов фермент найден у эукариот, конкретно у двух грибных организмов.
protein_name:"Shikimate dehydrogenase"
По такому запросу было установлено, что просто Шикимат-дегидрогеназа встречается в протеомах гораздо большего спектра живых систем, в отличии от предыдущего, также в эукариотических протеомах, наиболее распространены среди эукариот у Заднежгутиковых и у Виридиоплант
(protein_name:"Shikimate dehydrogenase") AND (ec:1.1.1.25)
(protein_name:"Shikimate dehydrogenase") NOT (ec:1.1.1.25)
Результаты последних двух запросов могут позволить предположить, как работает расширенный поиск по классам ферментов, и определить Шикимат-дегидрогеназу и такие итерации, как Хинин-Шикимат-дегидрогеназа по международной классификации, и позволил найти те ферменты, которые в классификации очень близки к Шикимат-дегидрогеназе. Как, например, Хинин-Шикимат-дегидрогеназа в первом запросе, или, например, он также позволил найти Пентафункциональный полипептид AROM, который является частью Шикиматного пути. И это не связано с запросом по имени, а именно с классификацией ферментов, что позволяет предположить, что по одному коду классификации ферментов можно найти различные компоненты большого биохимического пути, в связи с схожестью их функций.