Рис.1 BLASTn-results
Последовательности были получены из базы Nucleotides NCBI, запрос приведен ниже:
(Clostridium) AND chromosome[Title]
Мной были выбраны следующие последовательности: Clostridium botulinum strain CFSAN034200 chromosome,
Clostridium botulinum strain CDC_69094 chromosome. Обе последовательности - часть базы данных RefSeq. Я выбрал род Клостридии, поскольку это уникальный
пример рода бактерий, который может обитать в огромном числе субстратов и способном к самым различным метаболическим путям.
Исследуемый же организм вызывает бутулизм, который в 20 веке унес жизни тысяч людей. Бактерия чрезвычайно патогенна, поэтому
до сих пор представляет большой интерес в иммунологии.
Было проведено сравнение выдач программ megaBLAST и BLASTn с параметрами по умолчанию
Рис.1 BLASTn-results
Рис.2 megaBLAST-results
Выдача программ различается и более информативна выдача megaBLAST, в ней мы видим меньшее число повторов и можем сделать еще несколько выводов, а именно:
Рис.3 megaBLAST-annotated-results
Бежевым выделен участок, соответствующий транслокации. Бордовым цветом - многочисленные инсерции/делеции, зеленым выделен повторяющийся участок.
В целом про весь график можно сказать, что он представляет один и тот же тип цепи.