Задание 1
В этом задании я построил структуры A-,B- и Z-форм молекул ДНК. Ссылки на полученные файлы вы можете найти ниже
Задание 2
В этом задании я рассматриваю A-форму ДНК. Для начала сравниваю с pdb-структурой 3v9d. Для дальнейших действий выбираю четвертый цитозин DC`4. На иллюстрациях ниже можно увидеть пару гуанин-цитозин в Pymol и формулу цитозина с окраской в зависимости от того, в сторону какой бороздки смотрит исследуемый атом.
В сторону большой бороздки смотрят C4,C5,C6,N4
В сторону малой бороздки смотрят C2,O2,N1
| A-DNA from | B-DNA from | Z-DNA from | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Right | Right | Left |
| Шаг спирали (Å) | 28.0 | 33.8 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 17.0 (A/DA`34-B/DG`9) | 17.2 (A/DA`34-B/DC`4) | 18.3 (A/DC`4-B/DC`14) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 8.0 (A/DA`12-B/DG`9) | 11.7 (A/DA`26-B/DG`9) | 7.2 (A/DG`31-B/DG`13) |
Задание 3
С помощью программ find_pair и analize пакета 3DNA, был получен файл, который показан на рисунке 3. Для анализа была взята тРНК 2fmt. В этом файле есть информация о водородных связях, координатах стеблей, неканонических и стабилизирующих пар
Координаты стеблей
(2-7) strand I - (71-66) strand II
(49-53) strand I - (65-61) strand II
(38-44) strand I - (32-26) strand II
(10-13) strand I - (25-22) strand II
Неканонические пары
50_:[..U]U-*---G[..G]:..64
54_:[5MU]t-**--A[..A]:..58
55_:[PSU]P-**+-G[..G]:..18
35_:[..A]A-**--U[..U]:..33
38_:[..A]A-**--c[OMC]:..32
14_:[..A]A-**--u[4SU]:...8
15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48
44_:[..A]A-**--G[..G]:..26
16_:[..C]C-**+-A[..A]:..59
Стабилизирующие пары
55_:[PSU]P-**+-G[..G]:..18
35_:[..A]A-**--U[..U]:..33
14_:[..A]A-**--u[4SU]:...8
15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48
16_:[..C]C-**+-A[..A]:..59