Рис.1 Felis catus. Все права защищены.
В выбранном мною организме, домашней кошке(Felis catus),38 хромосом в диплоидном наборе. Я выбрал этот организм, листая список геномов эукариот в базе данных.
Я думал выбрать какого-нибудь червя, но потом увидел кошку, и понял, что это куда более интересный вариант.
Рис.1 Felis catus. Все права защищены.
Поиск по геномам по запросу с латинским названием организма дал пять результатов с одним референсным геномом
Уровень сборки генома - Chromosome, что говорит о том, что в сборке есть несколько хромосом разного качества.
Рис.2 Поиск по запросу
| RefSeq | GenBank | Размер генома (п.н.) | Scaffold N50 | Scaffold L50 | Contig N50 | Contig L50 |
| GCF_018350175.1 | GCA_018350175.1 | 2.4 Gb | 148.5 Mb/td> | 7 | 90.7 Mb | 10 |
N50: Длина контига, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины
L50: Число контигов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки
GCF_018350175.1_F.catus_Fca126_mat1.0_rna_from_genomic.fna - последовательность генома FASTA формате.
GCF_018350175.1_F.catus_Fca126_mat1.0_protein.faa - белковая последовательность FASTA формате.
GCF_018350175.1_F.catus_Fca126_mat1.0_genomic.gbff - последовательность генома с аннотацией в GBFF формате.