Я изучил домен Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I. Выбирал по принципу нормальное и человекочитаемое
term4/praktikum
Был проведён поиск с использованием инструмента hmmsearch для определения наличия домена Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I (COX1, PF00115.25) в базе аминокислотных последовательностей. В качестве профиля использовалась HMM-модель из Pfam. Поиск дал большое количество высокодостоверных совпадений с E-value от 3.2e-172 до 5.2e-169, что свидетельствует о высокой специфичности и надёжности результатов. Все найденные последовательности имеют почти полное покрытие модели, начиная примерно с 1–2 позиции и заканчивая 436–445 позицией по выравниванию.
Наиболее значимые хиты включают белки из цианобактерий и других фотосинтезирующих организмов, например K9T270_9CYAN и W8X0S6_CASD6, со скором выше 560 и точностью выравнивания (acc) около 0.99. Эти результаты подтверждают наличие домена COX1 в анализируемых последовательностях и демонстрируют эффективность профилей HMM для поиска консервативных белковых доменов в гомологичных белках.