Реконструкция и визуализация
После получения списка находок были собраны в один файл fasta-файлы соответствующих последовательностей. Затем было проведено множественное выравнивание с помощью программы muscle. Полученное выравнивание было преобразовано в формат .phy (при помощи скрипта), и на его основе построено филогенетическое дерево с использованием программы FastME, модели MtREV и 100 бутстреп-реплик. Действия повторяют схему, использованную в предыдущих практикумах.
На Рис. 3 показано дерево, где разными цветами выделены ортологические группы (наборы попарно ортологичных белков, не менее 4 последовательностей в группе). В данном анализе выделились две группы: группа белка CLPX и группа белка HSLU. Также на дереве видны примеры пар ортологов и паралогов:
- Пары ортологов: CLPX_BRUSU и CLPX_PASMU, HSLU_PSEMY и HSLU_SACD2, A0A0H3GCZ6_BRUSU и A0A5P8YCE6_YERPE.
- Пары паралогов: CLPX_AROAE и HSLU_AROAE, A0A5P8YB42_YERPE и CLPX_YERPE, Q3SFW1_THIDA и HSLU_THIDA.
На Рис. 4 показано дерево с схлопнутыми (collapsed) ортологическими группами. Обе группы содержат последовательности всех 7 выбранных бактерий, что позволяет оценить соответствие реконструкции групп ортологов с филогенией бактерий (сравнение с эталонным деревом):
- CLPX: реконструкция данной группы не полностью соответствует филогении
- HSLU: полностью соответствует рекомендованной филогении.
