Выравнивание последовательностей

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Acyl carrier protein	ACP_ECOLI	ACP_BACSU	216.0	60.3	71.8	1.3	1
Long-chain-fatty-acid-CoA ligase	LCFA_ECOLI	LCFA_BACSU	970.5	39.2	56.2	5.7	15
Quinolinate synthase A	NADA_ECOLI	NADA_BACSU	319.0	23.5	42.1	6.9	16

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Acyl carrier protein	ACP_ECOLI	ACP_BACSU	216.0	61.0	72.7	0.0	0	98.7	100
Long-chain-fatty-acid-CoA ligase	LCFA_ECOLI	LCFA_BACSU	976.5	40.0	57.0	4.6	11	98.2	98.0
Quinolinate synthase A	NADA_ECOLI	NADA_BACSU	329.0	25.8	46.2	20.9	12	89.6	94.6

Глобальное и локальное парное выравнивание негомологичных белков

Для выравнивания была выбрана пара LCFA_ECOLI (1) и NADA_BACSU (2)

Method	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Needle	28.0	11.0	21.4	57.7	22	-	-
Water	43.0	17.2	36.9	25.0	13	39.0	56.5

Множественное выравнивание белков

Выбранная мнемоника для множественного выравнивания – ACP (Acyl carrier protein). По запросу в UniProt для данной мнемоники было найдено 532 белка. Помимо белков Escherichia coli (ACP_ECOLI), Bacillus subtilis (ACP_BACSU) были выбраны белки Rhodobacter sphaeroides (ACP_RHOSH), Rhizobium leguminosarum (ACP_RHILE), Vibrio cholerae serotype O1 (ACP_VIBCH), Geobacter sulfurreducens (ACP_GEOSL), Nostoc sp. (ACP_NOSS1).

Последовательности были загружены в Jalview и выровнены алгоритмом Muscle. Потом выравнивание покрасили по проценту идентичности. Ссылка на проект.

Выравнивание показало явную гомологию белков перечисленных выше организмов. Можно выделить наиболее консервативный участок с 35 позиции выранивания по 54. Участки 21-30 и 70-85 являются наименее коснервативными. Можно отметить, что белок из Nostoc sp. (ACP_NOSS1) явно отличается от остальных своей длиной и наличием в ставки (25 позиция выравнивания), также пара белков Rhodobacter sphaeroides (ACP_RHOSH) и Rhizobium leguminosarum (ACP_RHILE) имеют одинаковые, неповторяющиеся у других, замены в консервативном участке (50 п.) и еще в нескольких местах (7, 17, 24, 28, 33, 55, 61 п.). Исходя из этого, можно предположить, что они эволюционно больше близки друг к другу, чем к другим белкам, взытых для данного выравнивания.