Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
| # | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) | |
|---|---|---|---|---|
| Альфа-спирали | ||||
| 1 | N(220ARG)-O(216GLU) | 3.23 | 166.1 ° | |
| 2 | N(215ARG)-O(211LEU) | 2.84 | 155.5 ° | |
| 3 | N(201GLN)-O(197ALA) | 3.00 | 164.7 ° | |
| 4 | N(225LEU)-O(221ALA) | 3.24 | 154.4 ° | |
| Бета-тяжи | ||||
| 1 | N(149GLY)-O(99SER) | 2.92 | 156.1 ° | |
| 2 | N(99SER)-O(147LEU) | 3.22 | 145.1 ° | |
| 3 | N(147LEU)-O(97VAL) | 3.03 | 155.5 ° | |
Показанная альфа-спираль была определена как 3.613. Среднее значение длины O-N связи: 3.08 Å. Среднее значение угла N-H-O: 160.2 ° Бета-лист был определен как параллельный. Среднее значение длины O-N связи: 3.06 Å. Среднее значение угла N-H-O: 152.2 °
Эталонные значения для альфа спирали: 2.99±0.12 Å и 157±9° Эталонные значения для паралленльного бета-листа: 2.92±0.14 Å и 161±9° Источник – Baker, E. N. & Hubbard, R. E. (1984). Hydrogen bonding in globular proteins. Prog. Biophys. Mol. Biol., Vol. 44, pp. 97 179.
Измеренные характеристики в основном входят в диапазон эталонных значений.